1221 ответов в этой теме

[Vafthrudnir]

Не нашел подходящей темы, создал новую, куда предлагаю постить разные новости из мира дДНК.

Плюс ссылка на тему с обсуждением пигментации древних людей


из нового

Цитата

"Далее генетики узнали о неожиданно древних связях между востоком и западом Евразии. Так, гаплогруппу R1b, которая раньше считалась занесенной в Европу миграциями степного населения прикаспийских степей в бронзовом веке, нашли у индивидов из Виллабруны (Италия, 14 тысяч лет назад) и у иберийского земледельца (семь тысяч лет назад). Локус HERC2, отвечающий за светлый цвет глаз у европейцев, появляется одновременно в Италии и на Кавказе (14-13 тысяч лет назад). Гаплогруппу M (митохондриальной ДНК) нашли у жителя Южной Италии (Остуни) возрастом в 27 тысяч лет: эта гаплогруппа, ныне встречающаяся только в Азии, наблюдалась и в Европе до последнего максимума обледенения, но позже ее носители исчезли."

полностью здесь

https://lenta.ru/art...6/05/03/iceage/

 

А вот эт забавно:
 

Так, гаплогруппу R1b, которая раньше считалась занесенной в Европу миграциями степного населения

 

Ибо все научные статьи, которые я до этого читал в интернете, писали, что R1b пришла в Европу через Иберию.

[Ravnur]

Ибо все научные статьи, которые я до этого читал в интернете, писали, что R1b пришла в Европу через Иберию.

 

Что это за научные статьи такие?

[Краки Нифлунг]

Старые наверное. Раньше же так и предполагали, что R1b приходит с бикерами из Испании, насколько  я помню.
Правда, только научно-популярное вспоминаю, да форумы.

[Ravnur]

Я вот тоже не помню никаких множественных научных статей на эту тему.

Всё же "пришла в Европу через Иберию" это не равно "была доминирующей у бикеров".
А в Иберию как попала?
Это уже какой-то намёк на иберо-африканскую версию, наверное, отсылает вообще в XX век, когда никакой поп-генетикой ещё не пахло с большего.

[roaring]

Я вот тоже не помню никаких множественных научных статей на эту тему.
Всё же "пришла в Европу через Иберию" это не равно "была доминирующей у бикеров".
А в Иберию как попала?
Это уже какой-то намёк на иберо-африканскую версию, наверное, отсылает вообще в XX век, когда никакой поп-генетикой ещё не пахло с большего.

По-моему Оппенгеймер писал, что R1b из ледникового убежища в Иберии.

[Ravnur]

По-моему Оппенгеймер писал, что R1b из ледникового убежища в Иберии.

 

Ага, я уже погуглил и почитал. Там с большего главный аргумент это современная доминантность на макроуровне в комбинации с доминантностью её у басков, которые, согласно гипотезе, являются палеолитическим реликтом Европы. Нормальная теория для 2007.

 

В 2020, конечно, всерьёз это воспринимать нельзя. Но и на тот момент отнюдь не общепринятая.

[Ravnur]

Да, я тоже не увидел, плюс некоторые образцы были переиспользованы, Ajv-серия.
Ajv54 это братишка с I2 + U5b (из The genomic ancestry of the Scandinavian Battle Axe Culture people and their relation to the broader Corded Ware horizon).

Мне кажется, что все мужики из avj-выборки тоже будут I2, с огромной вероятностью. Мы уже видели такое с другими группами не раз.
А вот остальные может какой сюрприз и выдадут. Если вообще результаты будут, в данной сфере обещанного можно три года ждать.

Я был прав.

 

Ajvide 58 belonged to Y-chromosome haplogroup I2a1 and mitochondrial haplogroup U4d.

 

Это Генетикер прогнал .BAM из старой работы. А вот мито из неё:

 

[Краки Нифлунг]

У понаехавших мамки неместные.

[Ravnur]

 

Да, схожая картина по мито и у соседней КВК группы из Ansarve. Папки – I2a, мамки – вот такая вот россыпь из H/K/J.

Да и аутосомные плоты по ссылке тоже наглядны.

К сожалению, в Gökhem из четырёх только один мужчина и игрек не восстановим (на сегоняшний день).

[Краки Нифлунг]

 

Да и аутосомные плоты по ссылке тоже наглядны.

К сожалению, в Gökhem из четырёх только один мужчина и игрек не восстановим (на сегоняшний день).

 

Ну да. Получается папки у всех были когда-то одни, а мамки разные. У одних местные, у других пришлые.И аутосомы в разные стороны их относят - КВК больше к анатолийцам, КЯК к охотникам.

[Краки Нифлунг]

Вот и нашелся ямник (?) с R1a (Z93). Это впрочем, не снимает проблемы соотнесения геномов ямников со шнуровиками

http://forum.molgen.....html#msg484330

[Краки Нифлунг]

Да и думаю, что это все же энеолит, а не ямники.

[Ravnur]

Не совсем новость, а статья за 2012 год, но так как она была на французском, то прошла мимо меня и я до сегодняшнего дня был с ней не знаком.

Lacan, Marie. La néolithisation du bassin méditerranéen : apports de l'ADN ancien

Для двух локаций во Франции написано "финальный неолит". Южная локация во Франции  – 3000 BC, северная – 2750 BC, Каталония – первая половина V тысячелетия до н.э.

 

 

К южной дан такой археологический контект (автоматический перевод с французского):
 

В средиземноморской Франции четвертое тысячелетие до нашей эры было периодом глубоких изменений, предвещающих конец периода неолита. Три основных элемента характеризуют его: развитие ранней медной промышленности, наличие коллективных захоронений (мегалиты, гипогеи, погребальные пещеры) и особенно взрыв культурного единства, существовавшего со времен среднего неолита, с появлением несколько культур с утвержденной идентичностью (Crubézy et al. 2004). Среди них мы находим так называемую культуру «группы Трейл» (3500–2200 гг. До н.э.), расположенную в регионе Гранд-Каус, она отличается хорошо выраженными керамическими фациями и особенно практика трепанации черепа. Оригинальность этой культуры заключается в ее региональном характере: в конце периода Шассеен изменение климата и, следовательно, растительности привело бы к антропизации высокогорных известняковых плато великих причин, что привело к появлению особых культурных фаций. , Археологический синтез этой группы Treilles предполагает, что потоки и обмены, вероятно, были ограничены обменами в соседних общинах, что делает генетический пул особей Treilles особенно интересным для понимания генетического прошлого южной Франции в конце из неолита (Crubézy et al. 2004). В рамках антропологического исследования, проведенного в Коллекции гротов I des Treilles, одноименной пещере культуры, все кости из Тулузского музея естественной истории были предоставлены нам для анализа.

Северная (мегалитический дольмен в долине Луары, без арх. контекста):
 

Каталония:

 

Относится главным образом к последнему эпикардиальному периоду с керамикой из группы Montboló.

 

В начале V тысячелетия до нашей эры все средиземноморские страны были окончательно преобразованы в неолитическую экономику. Затем общества начинают трансформироваться. Если мертвые уже были похоронены в мезолите, часто в отдельных могилах или в бассейнах, они будут объектом нового внимания и будут сгруппированы либо в естественных полостях, как в пещере Авелланер, либо в некрополях, состоящих из могилы в ямах или кессонах. Позже, во второй половине V тысячелетия, структура гробниц станет еще более сложной с появлением крупных погребальных памятников (мегалитов, курганов), отражением глубоких изменений в социальных отношениях неолитических обществ, которые становятся все более и более ". неравный ». В могильной пещере Авелланер воля перегруппировать мертвых в том же некрополе безошибочна. Относительно скудное присутствие украшений и других элементов «различия» (браслеты и диски из гребешка, кардиальные клапаны, подвески, перфорированные клыки кабана и жемчуг) и отсутствие крупных погребальных сооружений, как в среднем неолите. (после 4500 г. до н.э.), однако, не показывают существование важных социальных различий. (Guilaine 1996; Beyneix 2008). Редкость таких захоронений в регионе в течение этого древнего неолитического периода подразумевает, что использование могильной пещеры в качестве места захоронения не было обычным фактом для периода и, возможно, предполагает возможную преемственность мезолитических погребальных обрядов в первом фазы старого неолита (Chambon 2003; Guilaine et al. 2007). В этом контексте цель молекулярного анализа была двоякой. Сначала мы хотели определить лиц, фактически похороненных в полостях, а затем попытались выяснить, есть ли близкие родственники, чтобы лучше понять процесс пополнения похорон. На втором этапе мы попытались определить гаплогруппы митохондриальной и Y-хромосомы, чтобы проследить биогеографическое происхождение захороненных особей, чтобы оценить влияние неолитического прогресса на генофонд этих первых фермеров. , Другими словами, мы пытались понять, были ли эти первые фермеры охотниками / собирателями, перешедшими в производственную экономику, или они были прямыми потомками «изобретателей» сельского хозяйства на Ближнем Востоке.

 

 

[Краки Нифлунг]

Интересно. При превосходящих неолитических Е и G, I2 присутствуют везде, кроме Каталонии. Но там мб просто выборка небольшая. R1b наверное V88

[Ravnur]

Ну Е только один и в Каталонии. А вообще G2a тут "впереди планеты всей" с большим отрывом.

 

Та подтаблица в Южной Франции это "профили людей, которые могли контактировать с образцами во время анализа", т.е. не дДНК.

Поэтому R1b тут вообще нет. Обрежу, чтоб не путала.

[Ravnur]

Но там мб просто выборка небольшая.

 

Либо выборка, либо группа была такая сама по себе. Так-то там рядом на севере Испании в неолите хватало этого добра: http://www.balto-sla...=13#entry297392

[Владимир]

 

А, там есть кое-что

MUR009 Murzikhinsky II Russia 6,500–6,350 783,054 2.8 8.8 88.9
MUR019 Murzikhinsky II Russia 6,490–6,320 1,405,983 7.8 16.5 90.1
IV3002 Ipatovo 3 Russia 5,580–5,080 761,643 8.9 7.0 88.9
OBP001 Oberbipp Switzerland 5,320–5,070 138,083 0.5 1.2 59.3
IKI003 Ikiztepe Turkey 5,290–5,050 840,560 2.7 8.3 90.0
SUA004 Su Asedazzu Italy 4,300–4,010 2,517,870 11.5 24.0 93.2
MK3001 Marinskaja 3 Russia 2,990–2,870 79,534 0.8 0.7 37.8
ETR001 Chiusi Italy 1,810–1,620 1,977,148 24.5 17.8 93.7
 

We were

able to generate human nuclear and/or mitochondrial DNA data for all S. enterica-positive

individuals except OBP001 (Supplementary Table 1). Their genetic profiles were then compared

against a set of available ancient and modern human genomes. Principal component (PCA;

Extended Data Fig. 1A) and admixture (Extended Data Fig. 1B) analyses showed MUR009 is most

closely represented by Eastern hunter-gatherer (EHG) and lacks any Anatolian farmer genetic

ancestry. While MUR019, from the same Eneolithic archaeological site, did not yield sufficient

nuclear DNA for analysis, its mitochondrial haplogroup U5a1d2, a common EHG haplogroup18, is 

8

shared with MUR009 and suggests a (maternal) relationship. Both Bronze Age samples IV3002 and

IKI003 are closely positioned in the PCA and both harbour Iranian and Anatolian farmer ancestry

commonly associated with domesticated animals (pastoralism). The Sardinian Early Bronze Age

individual SUA004 exhibits a similar genetic profile to other European Neolithic farmers. The

remaining samples, MK3001 and ETR001, are younger and represent European genetic ancestry

established after major prehistoric migrations, with MK3001 falling isolated in the PCA due to an

unaccounted East Asian component (Extended Data Fig. 2).

Notably, some individuals that provided high coverage S. enterica genomes poorly performed in

human nuclear DNA recovery while still providing enough mitochondrial DNA fragments. We

hypothesise that this observation is based on the higher copy number of bacterial genomes (when

pathogen load is high) and mitochondrial genomes compared to nuclear human genomes.

 

Target: Murzikhinsky_Eneolithic:MUR009_scaled
Distance: 3.6720% / 0.03672034
90.0 RUS_Sidelkino_HG
6.6 RUS_Progress_En
3.4 UKR_Dereivka_I_En2

[Ravnur]

Genomic and dietary transitions during the Mesolithic and Early Neolithic in Sicily

 

Southern Italy is a key region for understanding the agricultural transition in the Mediterranean due to its central position. We present a genomic transect for 19 prehistoric Sicilians that covers the Early Mesolithic to Early Neolithic period. We find that the Early Mesolithic hunter-gatherers (HGs) are a highly drifted sister lineage to Early Holocene western European HGs, whereas a quarter of the Late Mesolithic HGs ancestry is related to HGs from eastern Europe and the Near East. This indicates substantial gene flow from (south-)eastern Europe between the Early and Late Mesolithic. The Early Neolithic farmers are genetically most similar to those from the Balkan and Greece, and carry only a maximum of ~7% ancestry from Sicilian Mesolithic HGs. Ancestry changes match changes in dietary profile and material culture, except for two individuals who may provide tentative initial evidence that HGs adopted elements of farming in Sicily.

 

https://www.biorxiv.....03.11.986158v1

 

Мито- и игреки из работы:

 

 

[Ravnur]

Интересен "фермер" с H-игреком.

 

Наверное, кто-то из них его потомки или племянники: https://www.yfull.com/tree/H-P96/

 

Автоперевод резюме с лёгкой коррекцией:

 

Южная Италия является ключевым регионом для понимания земледельческого перехода в Средиземноморье благодаря своему центральному положению. Мы представляем геномный срез для 19 доисторических сицилийцев, который охватывает период от раннего мезолита до раннего неолита. Мы находим, что ранне-мезолитические охотники-собиратели являются весьма родственными линиями к западноевропейским охотникам-собирателям раннего голоцена, тогда как четверть предков охотников-собирателей позднего мезолита связана с охотниками-собирателями из Восточной Европы и Ближнего Востока. Это указывает на существенный поток генов из (Юго-)Восточной Европы между ранним и поздним мезолитом. Фермеры раннего неолита генетически наиболее похожи на фермеров из Балкан и Греции, и их геном включает максимум 7% от генома сицилийских мезолитических охотников-собирателей. Эти изменения соответствуют изменениям в рационе питания и материальной культуре, за исключением двух человек, которые могут предоставить предварительные начальные доказательства того, что охотники-собиратели на Сицилии восприняли элементы ведения сельского хозяйства.

[Ravnur]

The Genomic Formation of Human Populations in East Asia

https://www.biorxiv.....03.25.004606v1

 

191 samples total, though many are low quality.

130 pass quality assessment:
7 Jomon from Japan - 6 from near Tokyo, ~2000-1500 BC, and 1 from Hokkaido, ~3500-3200 BC.
65 Neolithic to Iron Age samples from various sites in Mongolia (including Afanasievo, Chemurchek, and Slab Grave)
20 from Primorsky Krai (extreme southeast Russia) - mostly Neolithic 5700-3600 BC, plus 1 Iron Age and 2 Early Medieval (Mohe)
1 recent historical sample from Sakhalin (Ainu?)
37 from Taiwan - 1 from about 1300 BC, the rest from ~AD 150-850.

There are also 20 samples from Shaanxi, Central China, ~3400-2800 BC - all shotgun sequenced and of questionable quality, but still good enough to get some results.

[Ravnur]

Вот эта часть должна быть самая интересная:

 

We document how 6000-3600 BCE people of Mongolia and the Amur River Basin were from populations that expanded over Northeast Asia, likely dispersing the ancestors of Mongolic and Tungusic languages. In a time transect of 89 Mongolians, we reveal how Yamnaya steppe pastoralist spread from the west by 3300-2900 BCE in association with the Afanasievo culture, although we also document a boy buried in an Afanasievo barrow with ancestry entirely from local Mongolian hunter-gatherers, representing a unique case of someone of entirely non-Yamnaya ancestry interred in this way. The second spread of Yamnaya-derived ancestry came via groups that harbored about a third of their ancestry from European farmers, which nearly completely displaced unmixed Yamnaya-related lineages in Mongolia in the second millennium BCE, but did not replace Afanasievo lineages in western China where Afanasievo ancestry persisted, plausibly acting as the source of the early-splitting Tocharian branch of Indo-European languages.

[Краки Нифлунг]

Пока все хорошо на эту картинку накладывается и тот археологический контекст, который для нее предложили.

[Ravnur]

Вслед вышла ещё одна работа по Азии:

 

A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern Steppe

 

https://www.biorxiv.....03.25.008078v1

 

The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region's population history. Here we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher Eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.

[Владимир]

Сегодня ещё одна работа из того же региона A dynamic 6,000-year genetic history of Eurasia's Eastern Steppe. https://www.biorxiv.....03.25.008078v1
The Eastern Eurasian Steppe was home to historic empires of nomadic pastoralists, including the Xiongnu and the Mongols. However, little is known about the region's population history. Here we reveal its dynamic genetic history by analyzing new genome-wide data for 214 ancient individuals spanning 6,000 years. We identify a pastoralist expansion into Mongolia ca. 3000 BCE, and by the Late Bronze Age, Mongolian populations were biogeographically structured into three distinct groups, all practicing dairy pastoralism regardless of ancestry. The Xiongnu emerged from the mixing of these populations and those from surrounding regions. By comparison, the Mongols exhibit much higher Eastern Eurasian ancestry, resembling present-day Mongolic-speaking populations. Our results illuminate the complex interplay between genetic, sociopolitical, and cultural changes on the Eastern Steppe.
И до материалы с картинками.
https://www.biorxiv....f?download=true

Вложенные файлы

•  C688FB16-019C-4192-81E9-172D2607ADA3.png   470,46 КБ   0 Скачано

Сообщение изменено: Владимир, 26 Март 2020 - 18:28.

[Краки Нифлунг]

Не пойму что-то про чемурчекцев. Игреки вполне афанасьевские, R1b, а аутосомно больше на местных похоже.
Ну в любом случае, Францией там не пахнет.

[Владимир]

Грубо говоря по южной Сибири, Алтаю и Забайкалью:
энеолит это гаплогруппа N
энеолит/пред бронза это Афанасьево R1b
Средняя/поздняя бронза это Окунево Q1a
Ранее железо это Андроново R1a
Позднее железо/начало нашей эры хунны не пойми кто, каша
Ранее средневековье тюрки та же каша плюс большое количество R1b. Так может тюрки и есть R1b?
Монгольский период та же каша только в два раза больше монголов C2b

Сообщение изменено: Владимир, 26 Март 2020 - 19:37.

[Ravnur]

Главное не показывать Коломийцеву эту диаграмму, а то у него уже не только I-Y3120, но и E-V13 из Монголии прискакали:
 

 

[Ravnur]

Нашёл на антродженике выдержку со всеми гаплогруппами из последней работы:

 

[Ravnur]

Локации:

 

[varang]

По моей линии МЖМ есть только раннесредневековый Уйгур OLN 007.

Сообщение изменено: varang, 27 Март 2020 - 10:12.