Задал два вопроса
1. Видел в одной из относительно недавних работ, что пересчитали вероятность пигментации для одного из мезолитических образцов (толи Виллабруна, толи Лошбур, навскидку не вспомню, но это были WHG). Я так полагаю, что предикция пигментации глаз пока не может с точностью определять смешанные оттенки (поэтому в этой сводке много голубоглазых и кареглазых, но почти нет зеленоглазых)?
2. Эту карту
http://antropogenez....ropedia/map.jpg
часто приводят как пример несостоятельности HIrisPlex-S, мол, вот у вас монголы и Восточная Сибирь черные - значит вся система неправильная, значит понапридумали с черными европейцами. Как по мне, это просто нюансы и на общую картину не влияют, но интересно было бы услышать более сведущего в этом человека. Насколько достоверна вся вот эта предикция пигментации кожи древних людей?
Получил ответ
Смотрите, тот же HIrisPlex-S предсказывает цвет кожи на основании более 20 снипов. KITLG только один из генов в этом списке, и не на первом месте: SLC24A5, к примеру, влияет на пигментированность кожи заметнее (меланиновый индекс меняется, в зависимости от варианта SLC24A5, на 7-12 единиц, а для KITLG - 6-7 единиц). Для сравнения, средняя разница между европейцами и афроамериканцами - 30.
Какие варианты SLC24A5, TYR, SLC45A2 у Афонтовой Горы-3 мы не знаем. Без этого можно только предположить, что кожа индивида не супер-чёрная. Тем более если у нас только 2 прочтения, мы не знаем, вариант KITLG в гомозиготе или нет (6-7 единиц для гомозигот).
По поводу цвета глаз (Ваш первый вопрос) - насколько помню, надёжность предсказаний для "промежуточных" глаз действительно пониже, чем для карих и для голубых. В публикациях нередко пишут просто "светлые глаза", не уточняя, голубые, зеленые etc.
HIrisPlex-S оттачивалась на западных европейцах, поэтому да, на выходцах с Востока она работает хуже (а про древних людей - отдельный разговор). Специалисты работают над совершенствованием методики. В том числе, для повышения надёжности, по-видимому, нужно будет учитывать вероятный регион происхождения индивида.