1399 ответов в этой теме

[Ravnur]

raw это не формат.

 

Проще VCF конвертировать в формат 23andMe утилитой plink или вот ещё есть инструмент: https://github.com/tkrahn/extract23

[Брут]

raw это не формат.

 

Проще VCF конвертировать в формат 23andMe утилитой plink или вот ещё есть инструмент: https://github.com/tkrahn/extract23

 

Но сначала еще нужно как-то конвертировать bam в vcf.

[Брут]

Но сначала еще нужно как-то конвертировать bam в vcf.

 

А, я так понял, инструмент по ссылке конвертирует. А как это все делается в Пайтоне?

[Ravnur]

А в какой лаборатории делался анализ, где предоставляется .bam и не предоставляется .vcf?

Попробуйте bcftools.

[Ravnur]

А, я так понял, инструмент по ссылке конвертирует. А как это все делается в Пайтоне?

 

В каком смысле в Пайтоне? Там простой shell-скрипт, если хотите и знаете Пайтон, то можете написать аналогичную логику и на Пайтоне, если вам почему-то хочется конвертировать именно интепретатором Пайтона, а не Башем.

[Брут]

В каком смысле в Пайтоне? 

 

Я подумал сначала, что это по аналогии с этим конвертором: https://github.com/2sh/vcf-to-23andme

Нет, я в Пайтоне не шарю.

[Брут]

А в какой лаборатории делался анализ, где предоставляется .bam и не предоставляется .vcf?

 

 

Не знаю, нужно читать оригинальную статью. По ссылке вроде только бамы: http://gigadb.org/da.../10/File_page/8

[Eldar]

 

Если я правильно понимаю, например у отца определяется 3-4 этноса (1,2,3,4), я с генами обязательно получаю 1/2 от их всех или может быть такое что мне передадутся только некоторые (например 1 и 2 или 3 и 4 и т.п.)?
_____________________________________________________

 

и еще вопрос появился, митоДНК и X-ромосома это ведь разные вещи т.е. делают тест по митоДНК, а Х-хромосому вообще не используют в анализе или она включена в аутосомный тест?

[roaring]

 
Если я правильно понимаю, например у отца определяется 3-4 этноса (1,2,3,4), я с генами обязательно получаю 1/2 от их всех или может быть такое что мне передадутся только некоторые (например 1 и 2 или 3 и 4 и т.п.)?
_____________________________________________________
 
и еще вопрос появился, митоДНК и X-ромосома это ведь разные вещи т.е. делают тест по митоДНК, а Х-хромосому вообще не используют в анализе или она включена в аутосомный тест?

Необязательно получите половину, вы можете унаследовать более южные или северные гены от обоих родителей, тут как с если вы салат с двух мисок накладываете, может быть больше огурцов, а может и помидоров, но скорее всего будет поровну.

Х включена в аутосомный тест.

[Eldar]

Необязательно получите половину, вы можете унаследовать более южные или северные гены от обоих родителей, тут как с если вы салат с двух мисок накладываете, может быть больше огурцов, а может и помидоров, но скорее всего будет поровну.

Х включена в аутосомный тест.

благодарю!

[MacReady]

Такой вопрос касательно генофонда западных украинцев. Как известно, в Западной Украине до ВМВ проживала масса евреев, так вот оказали ли евреи какое-то влияние на генофонд украинцев, если точнее украинцев Львовской, Закарпатской, Ивано-Франковской Тернопольской и Черновецкой областей? Или же генофонд западных украинцев отличается он генофонда восточных и центральных украинцев из-за румынской/молдавской примеси?

Это более древний субстрат, ибо у тестируемых людей отсюда в результатах в основном выскакивают Балканы а не ашкеназы.

[BUM BUM]

Всем привет.
В грузинском ДНК Familytreedna проекте нашел парня у которого такая же гапло I1 и его фамилия оказалась из того же региона Грузии как и моя.

Те кто в этих ДНК разбирается можете объяснить что эта за ветка и где чаще встречается ? Если это конечно возможно

952465 Antia.Village Tchkadua.Samegrelo Georgia I1-Y2245 13 23 14 10 13-14 11 14 11 12 11 28 16 7-9 8 11 23 15 20 28 12-14-15-16 10 10 19-19 14 14 17 18 35-38 12 10

[Краки Нифлунг]

Вот ее страничка на Yfull. 
https://www.yfull.com/tree/I-Y2245/

Можете вбить эти цифры в предиктор невген.
https://www.nevgen.org

Я попробовал, если нигде не опечатался, то у вас вот так

I1 Z63>>L849>

S2077> PR683>

L1237

https://www.yfull.com/tree/I-L1237/

Похоже, что это норманны 

[simba]

Добрый вечер всем!  У меня вопрос. Я сделала на гедматче К13. Объясните, пожалуйста, что имеется ввиду под северной Атлантикой?                                                                                                                                                                         Admix Results (sorted):

# Population Percent 1 Baltic 44.03 2 North_Atlantic 27.12 3 West_Med 9.14 4 West_Asian 7.97 5 East_Med 3.99 6 Siberian 3.00 7 South_Asian 2.29 8 Red_Sea 1.52
 

[roaring]

Добрый вечер всем!  У меня вопрос. Я сделала на гедматче К13. Объясните, пожалуйста, что имеется ввиду под северной Атлантикой?                                                                                                                                                                         Admix Results (sorted):

#

Population

Percent

1

Baltic

44.03

2

North_Atlantic

27.12

3

West_Med

9.14

4

West_Asian

7.97

5

East_Med

3.99

6

Siberian

3.00

7

South_Asian

2.29

8

Red_Sea

1.52

Великобритания, Ирландия, Норвегия это страны в которых этот компонент в пике. Для русских норма около 25. В целом у вас довольно типичные результаты для русских средней полосы, может один из дедушек/бабушек был с севера.

[simba]

Великобритания, Ирландия, Норвегия это страны в которых этот компонент в пике. Для русских норма около 25. В целом у вас довольно типичные результаты для русских средней полосы, может один из дедушек/бабушек был с севера.

 Спасибо большое! Да, похоже, что бабушка была с Финляндии. 

[Брут]

Великобритания, Ирландия, Норвегия это страны в которых этот компонент в пике. Для русских норма около 25. В целом у вас довольно типичные результаты для русских средней полосы, может один из дедушек/бабушек был с севера.

 

Для белорусов в среднем около 29% North-Atlantic (это академические образцы для стандартного калькулятора).

[Sacramentum]

Откуда у балтов взялась гаплогруппа N1c?

[roaring]

Откуда у балтов взялась гаплогруппа N1c?

От ФУ.

[Sacramentum]

От ФУ.

От финно-угров? То есть балты - это смесь славян и финно-угров?

[Краки Нифлунг]

При чем здесь славяне?

[Cicero]

При чем здесь славяне?

Человек троллит, недавно про метисацию между ашкеназами и украинцами спрашивал.

Сообщение изменено: Cicero, 27 Сентябрь 2021 - 13:54.

[Tora_sama]

Я вот удивляюсь, этот тролль тут уже год стебётся откровенно, периодически задавания вопрос о влиянии евреев на западных украинцев и прочую дичь, каждый раз ему всё объясняют и тут всё по новой, про "финно-угров" я как минимум несколько раз уже объяснял, будь я модером уже давно бы выписал пермамент, чтобы люди не тратили на него время.

[Sacramentum]

Человек троллит, недавно про метисацию между ашкеназами и украинцами спрашивал.

 

 

При чем здесь славяне?

Ну как при чем? У балтов довольно высокий процент R1a, а учитывая, что они соседи со славянами, логично предположить, что происходило смешивание. Нет?

[roaring]

Ну как при чем? У балтов довольно высокий процент R1a, а учитывая, что они соседи со славянами, логично предположить, что происходило смешивание. Нет?

Нет, если следовать самой логичной теории то балты и славяне представляли собой единое целое изначально, но потом славяне отделились, вобрали в себя некий южный субстрат и очень сильно размножались и расселились.

[Digenis]

Hi!

Хочу задать вопрос.
Я посоветовал дастеру сделать ydna тест в ftdna, так как он хочет узнать свою гаплогруппу. У него самого есть подозрение, что у него она будет Е. Чтобы не посоветовать не правильно, хотел сам спросить у продвинутых форумчани модераторов, на сколько минимум маркеров заказать тест, чтоб его субклад определили, как балканский, греческий итд.?

Сообщение изменено: Digenis, 01 Октябрь 2021 - 10:29.

[Digenis]

Это конечно не факт, что у дастера будет Ешка, но какя бы группа не была, сколько маркеров достаточно, чтоб определить суьклад?

[Ravnur]

Нет никакого универсального числа. По-разному. Если речь о субкладе максимально низкого из известных на данный момент уровня, разумеется. Для определения же макрогаплогруппы хватит и 37 маркеров в 99% случаев.

[Digenis]

Ну а если to play it safe, то 111 должно хватить ?

[Ravnur]

Да, но это всё равно будет предикция, пусть и максимально точная из возможных.