1399 ответов в этой теме

[j48845X]

Сделал я этот ваш ДНК тест, и что это за бред?
Все базы выдают разные результаты, сдавал в МН.
По МН я восточноевропеец+балт+баклан.
По геномлинку северо западная Европа 52проц.
Адднтро тоже северо западная Европа.
Телмиген - поляк.
Ливинг дна - поляк (северо восточная Европа)
По генотеку вообще западный укр либо русский либо англичанин.
И так везде, гедматч и прочие васянские калькуляторы это вообще ужас. При 60 процентах северной Европы в oracle выдает Украину, сам оракл обновлялся как я понял лет 10 назад.
По МТА из древних популяций мне ближе шведские викинги и скифы, из современных поляки, ну что за чушь? Геноплот мне разные г25 координаты выдает, я там одновременно и украинец и немец могу быть.
Предиктор У гаплы тоже невнятный Субклад в isogg и experimental tree отличается. Ну вот и кто я?

Потомок древних индоевропейцев

[Tora_sama]

Все базы выдают разные результаты, сдавал в МН.
Предиктор У гаплы тоже невнятный Субклад в isogg и experimental tree отличается. 

Это как вообще? МХ гаплогруппы не показывает...

[sipovka]

Это как вообще? МХ гаплогруппы не показывает...

Это как вообще? МХ гаплогруппы не показывает...

Предиктор гаплы в морли дна

Сообщение изменено: sipovka, 01 Август 2024 - 21:04.

[j48845X]

Предиктор гаплы в морли дна

Довольно странные претензии у вас конечно. Большинство встроенных калькуляторов у компаний по анализу ДНК довольно поверхностные. Это никогда не было секретом.

Лучше бы свои координаты выложили и попросили местных помочь разобраться.

[sipovka]

Довольно странные претензии у вас конечно. Большинство встроенных калькуляторов у компаний по анализу ДНК довольно поверхностные. Это никогда не было секретом.
Лучше бы свои координаты выложили и попросили местных помочь разобраться.

Какие из своих координат? С геноплота у меня около 5 г25 координат + координаты полученные с сырого файла и eyd, все они в зависимости от выборки показывают разные результаты в вахадуо. Мне кажется на любительский г25 не стоит вовсе опираться

[Владимир]

Ну так загрузите raw файл сюда https://illustrativedna.com/ и получите нормальные G25 координаты, потом сами прогоните их через Vahaduo. Что покажет так и есть. Можно и сюда потом координаты свои выложить, у некоторых здесь есть свои базы координат значительно большие чем здесь общедоступные https://eurogenes.bl...l25_12.html?m=1

[Владимир]

Ну а то, что в зависимости от выборки получаются разные результаты, так а как иначе может быть? Если вы себя сравниваете с выборкой только из негров Африки, то алгоритм вам и подберет самых подходящих негров. Выборки у всех коммерческих компаний разные, состоящие из их клиентов, это же не научные выборки этносов мира, таких по-моему и нет. Если компания работает только в России она вам подберет только россиян, если только в Британии, то и результат будет такой же. Это же очевидно. Более того, свой этнос и свою страну клиент указывает сам, коммерческие выборки это принимают за чистую монету. Тут недавно было, скажем так недоразумение по выборке из Польши в какой то базе. Там поляками значатся скажем так не совсем этнические поляки, а эта база их считает поляками. Другие поляки, скажем не очень с этим согласные, возмущались по этому поводу. Но коммерческая компания это же не третий рейх чтобы перепроверять кто настоящий ариец а кто нет, что им в анкетах клиенты написали на то они и ориентируются.
По древним образцам проще. Их ограниченное количество и у всех пользователей их координаты единые и соответственно единая база. Тут другой навык нужен, как ими пользоваться в зависимости от того что вы хотите узнать. Ваших относительно непосредственных предков нужно искать по образцам от 1500 года нашей эры и позже , эти образцы обычно маркируются Historical, в смысле исторический период. Если по базовым компонентам, то сравниваете свои координаты с небольшим набором базовых компонент, если своих предков из римского времени то берете образцы 0-500 годов нашей эры, ну и так далее

Сообщение изменено: Владимир, 02 Август 2024 - 06:38.

[sipovka]

Ну а то, что в зависимости от выборки получаются разные результаты, так а как иначе может быть? Если вы себя сравниваете с выборкой только из негров Африки, то алгоритм вам и подберет самых подходящих негров. Выборки у всех коммерческих компаний разные, состоящие из их клиентов, это же не научные выборки этносов мира, таких по-моему и нет. Если компания работает только в России она вам подберет только россиян, если только в Британии, то и результат будет такой же. Это же очевидно. Более того, свой этнос и свою страну клиент указывает сам, коммерческие выборки это принимают за чистую монету. Тут недавно было, скажем так недоразумение по выборке из Польши в какой то базе. Там поляками значатся скажем так не совсем этнические поляки, а эта база их считает поляками. Другие поляки, скажем не очень с этим согласные, возмущались по этому поводу. Но коммерческая компания это же не третий рейх чтобы перепроверять кто настоящий ариец а кто нет, что им в анкетах клиенты написали на то они и ориентируются.
По древним образцам проще. Их ограниченное количество и у всех пользователей их координаты единые и соответственно единая база. Тут другой навык нужен, как ими пользоваться в зависимости от того что вы хотите узнать. Ваших относительно непосредственных предков нужно искать по образцам от 1500 года нашей эры и позже , эти образцы обычно маркируются Historical, в смысле исторический период. Если по базовым компонентам, то сравниваете свои координаты с небольшим набором базовых компонент, если своих предков из римского времени то берете образцы 0-500 годов нашей эры, ну и так далее

Спасибо за ответ, у меня, кстати, такой же субклад по Y как у вас, если верить ISOGG

[Владимир]

ISOGG верить нужно, это международная некоммерческая организация систематизирующая общее древо Y. Но их кодификация чрезвычайно сложна. Ориентироваться на гаплотипы в YFull или FTDNA намного проще

[sipovka]

Ну а то, что в зависимости от выборки получаются разные результаты, так а как иначе может быть? Если вы себя сравниваете с выборкой только из негров Африки, то алгоритм вам и подберет самых подходящих негров. Выборки у всех коммерческих компаний разные, состоящие из их клиентов, это же не научные выборки этносов мира, таких по-моему и нет. Если компания работает только в России она вам подберет только россиян, если только в Британии, то и результат будет такой же. Это же очевидно. Более того, свой этнос и свою страну клиент указывает сам, коммерческие выборки это принимают за чистую монету. Тут недавно было, скажем так недоразумение по выборке из Польши в какой то базе. Там поляками значатся скажем так не совсем этнические поляки, а эта база их считает поляками. Другие поляки, скажем не очень с этим согласные, возмущались по этому поводу. Но коммерческая компания это же не третий рейх чтобы перепроверять кто настоящий ариец а кто нет, что им в анкетах клиенты написали на то они и ориентируются.
По древним образцам проще. Их ограниченное количество и у всех пользователей их координаты единые и соответственно единая база. Тут другой навык нужен, как ими пользоваться в зависимости от того что вы хотите узнать. Ваших относительно непосредственных предков нужно искать по образцам от 1500 года нашей эры и позже , эти образцы обычно маркируются Historical, в смысле исторический период. Если по базовым компонентам, то сравниваете свои координаты с небольшим набором базовых компонент, если своих предков из римского времени то берете образцы 0-500 годов нашей эры, ну и так далее

Ещё вопрос: правильно ли я вас понял что собственной близости к древним популяциям стоит верить больше?
Мне, например, MyTrueAncestory выдает по близости к древним популяциям скифов и шведских викингов, к современным: поляков. По моему, поляки викингами не являются, так что из этого будет более правдивым?
Другие калькуляторы заместо шведов могут мне выдать вестготов и баварских немцев, в целом такого разнобоя как на современных выборках нет.

[Владимир]

Вам нужно получить нормальные координаты G25 и прогнать их через Vahaduo с нормальным наборов древних популяций определенного периода. Если речь о периоде викингов 800-1200 годы, то по нему много образцов и получаются нормальные данные. Я не в курсе какая база используется в MyTrueAncestory, может там половину исследованных образцов этого периода нет. По древним, при неполных базах, результат будет такой же. Алгоритм вам будет показывать ближайший образец из имеющихся. Ну а викинги были разные, были среди них и славяне. Тут еще вопрос кто у кого в викинги записан. Если образец жил в период 800-1200 годы это не значит, что он автоматически викинг, однако в научной работе его вполне могли атрибутировать как викинга. Вообщем во всем нужно разбираться

[sipovka]

Ну так загрузите raw файл сюда https://illustrativedna.com/ и получите нормальные G25 координаты, потом сами прогоните их через Vahaduo. Что покажет так и есть. Можно и сюда потом координаты свои выложить, у некоторых здесь есть свои базы координат значительно большие чем здесь общедоступные https://eurogenes.bl...l25_12.html?m=1

Залил я файл на илюстратив, так что скидываю координаты сюда, было бы славно если бы кто-нибудь пробил по своим выборкам
SipliyAriets_scaled,0.133173,0.117801,0.068259,0.062662,0.041238,0.026495,0.014571,0.017076,-0.001841,-0.024784,0.002436,-0.013338,0.013528,0.014726,-0.005429,0.000796,-0.000391,-0.000127,0.00993,0.004752,-0.002246,0.002597,0.005546,-0.004458,0.002634

SipliyAriets,0.0117,0.0116,0.0181,0.0194,0.0134,0.0095,0.0062,0.0074,-0.0009,-0.0136,0.0015,-0.0089,0.0091,0.0107,-0.004,0.0006,-0.0003,-0.0001,0.0079,0.0038,-0.0018,0.0021,0.0045,-0.0037,0.0022

[sipovka]

https://imgur.com/a/62D8o7T
Вот что у меня вышло с выборкой взятой у andvari и со стандартной, мне кажется можно добиться лучших дистанций.

[Tora_sama]

Залил я файл на илюстратив, так что скидываю координаты сюда, было бы славно если бы кто-нибудь пробил по своим выборкам
SipliyAriets_scaled,0.133173,0.117801,0.068259,0.062662,0.041238,0.026495,0.014571,0.017076,-0.001841,-0.024784,0.002436,-0.013338,0.013528,0.014726,-0.005429,0.000796,-0.000391,-0.000127,0.00993,0.004752,-0.002246,0.002597,0.005546,-0.004458,0.002634

SipliyAriets,0.0117,0.0116,0.0181,0.0194,0.0134,0.0095,0.0062,0.0074,-0.0009,-0.0136,0.0015,-0.0089,0.0091,0.0107,-0.004,0.0006,-0.0003,-0.0001,0.0079,0.0038,-0.0018,0.0021,0.0045,-0.0037,0.0022

Как-то так.

[Владимир]

Происхождение по образцам 6000-4000 годы до нашей эры

Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 4.4464% / 0.04446363 | R5P
35.0 UKR_N
24.8 DEU_LBK_SCH
20.8 Russia_Nalchik_Eneolithic_LN
9.8 BGR_C_o
9.6 RUS_Khvalynsk_LN

По образцам 6000-3000 годы до нашей эры
Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 3.6582% / 0.03658180 | R5P
26.4 Bulgaria_EBA_Boyanovo
23.0 UKR_N
20.6 DEU_LBK_SCH
20.4 UKR_Dereivka_I_EBA
9.6 Yamnaya_SRB_EBA

По образцам 6000-2000 годы до нашей эры

Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 2.1063% / 0.02106335 | R5P
31.0 Bell_Beaker_CZE_late
21.4 Corded_Ware_Baltic
21.4 Hungary_MBA_Kisapostag
18.2 Yamnaya_SRB_EBA
8.0 TUR_Ikiztepe_EBA


По образцам 6000-1000 годы до нашей эры
Результат в принципе хороший, 0,91 это более чем реальный
Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 0.9134% / 0.00913397 | R5P
50.6 Baltic_EST_LBA
25.8 CZE_LBA_Knoviz
11.8 Yamnaya_SRB_EBA
9.2 GRC_Minoan_Odigitria_MLBA_low_res
2.6 China_Tibetan_Plateau_LBA

По образцам 6000-0 до нашей эры
Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 0.9155% / 0.00915479 | R5P
46.0 Baltic_EST_LBA
17.6 CZE_IA_La_Tene_low_res
16.2 HUN_Prescythian_EIA
14.0 England_EastYorkshire_MIA_LIA_low_res
6.2 Levant_Baqah_LBA


Ну и наконец по образцам 6000 до н.э. - 1200 н.э.
Target: SipliyAriets_scaled
Distance: 0.0315% / 0.00031532 | R5P
50.6 POL_Medieval_Wielkopolska
28.8 POL_Medieval_Lubuzs
10.0 RUS_VolgaOka_Rom
7.0 POL_Medieval_Masovia
3.6 POL_Wielbark_Maslomecz_Rom

Схожесть
Distance to: SipliyAriets_scaled
0.02521440 CZE_LBA_Knoviz:I16089
0.02651682 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA010
0.02696178 POL_Medieval_Silesia:PCA0122
0.02718001 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA009
0.02807718 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA006
0.02867836 RUS_Kurevanikha_VA:VK160
0.02887549 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA002
0.02899939 RUS_Sunghir_LMA:Sunghir6
0.02923215 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA005
0.03040037 POL_Medieval_Wielkopolska:PCA0197
0.03133900 RUS_VolgaOka_LMA2:GOS002
0.03155374 Austria_MA_800AD:I15232
0.03157129 POL_Medieval_Silesia:PCA0137
0.03158667 Serbia_Rom_ViminaciumGrobalja_100AD:I32305
0.03161061 SWE_Skara_VA:VK397
0.03261275 HUN_Antiq_La_Tene_o:I18183
0.03318202 Hungary_MA_Avars_o:RKO007.A0101.TF1
0.03345594 HUN_Avar_Szolad:Av1
0.03355093 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA001
0.03358945 DNK_Jutland_VA:VK340
0.03381458 HUN_Avar_Szolad:Av2
0.03414372 SWE_Skara_VA:VK309
0.03415988 POL_Medieval_Kujavian:PCA0158
0.03420271 DEU_MA_Krakauer_Berg:KRA011
0.03422575 SWE_Gotland_VA:VK473

Ну вообщем типичный славянин, а с учетом 10 % примеси рязано-окцев (Волго-Ока) скорее типичный русский

[Hasserfult]

Привет всем, пробейте мои корды пж
sample_simulated_g25_scaled,0.133907,0.124726,0.072426,0.064449,0.038553,0.024935,0.009902,0.012424,-0.003944,-0.023491,-0.003437,-0.007943,0.014531,0.024009,-0.008838,-0.000408,0.001589,-0.000431,0.004141,0.001202,-0.004553,-0.00428,0.006952,0.000141,0.000104

[Tora_sama]

По G25 у нас есть отдельная тема.

[sipovka]

как построить точную модель в сингл моде в вахадуо при смешанном происхождении? Использовать все популяции или 3-4? 
Вот что выдает мне калькулятор с полной выборкой:

Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.4200% / 0.01420035
32.4 Lithuanian_SZ
24.2 Russian_Belgorod
12.0 German_Hamburg
8.6 Welsh
7.8 Lithuanian_RA
6.6 Estonian
2.4 Finnish_Southwest
2.2 Kubachinian
1.4 Mlabri
1.4 Saudi
0.8 Turkish_West_Macedonia
0.2 Ket

Если удалить смешаные выборки типо эстонцев, валийцев итп
Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.4238% / 0.01423786
39.6 Lithuanian_SZ
25.0 German_Hamburg
23.0 Russian_Belgorod
5.0 Lithuanian_VZ
1.8 Danish
1.8 Kubachinian
1.4 Mlabri
1.2 Saudi
0.6 Ket
0.4 EmiratiA
0.2 Russian_Pinezhsky

И если в выборке оставить 4 наиболее подходящие(как мне кажется) популяции
Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.5887% / 0.01588674
29.4 Russian_Belgorod
27.2 German_Hamburg
24.8 Lithuanian_SZ
18.6 Erzya
 

[jarkikh]

raw это не формат.

 

Проще VCF конвертировать в формат 23andMe утилитой plink или вот ещё есть инструмент: https://github.com/tkrahn/extract23

 

Да, на гитхабе много решений. Но есть и сразу в онлайне – https://ilovevcf.ru для конвертации VCF в формат 23andMe, можете ее попробовать

Сообщение изменено: jarkikh, 11 Март 2025 - 06:25.

[roaring]

как построить точную модель в сингл моде в вахадуо при смешанном происхождении? Использовать все популяции или 3-4? 
Вот что выдает мне калькулятор с полной выборкой:

Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.4200% / 0.01420035
32.4 Lithuanian_SZ
24.2 Russian_Belgorod
12.0 German_Hamburg
8.6 Welsh
7.8 Lithuanian_RA
6.6 Estonian
2.4 Finnish_Southwest
2.2 Kubachinian
1.4 Mlabri
1.4 Saudi
0.8 Turkish_West_Macedonia
0.2 Ket

Если удалить смешаные выборки типо эстонцев, валийцев итп
Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.4238% / 0.01423786
39.6 Lithuanian_SZ
25.0 German_Hamburg
23.0 Russian_Belgorod
5.0 Lithuanian_VZ
1.8 Danish
1.8 Kubachinian
1.4 Mlabri
1.2 Saudi
0.6 Ket
0.4 EmiratiA
0.2 Russian_Pinezhsky

И если в выборке оставить 4 наиболее подходящие(как мне кажется) популяции
Target: Sipovka_scaledMH
Distance: 1.5887% / 0.01588674
29.4 Russian_Belgorod
27.2 German_Hamburg
24.8 Lithuanian_SZ
18.6 Erzya
 

 

В вахадуо есть кнопка reduce, жмите и выбираете количество популяций, я так делаю, а дальше можно удалять, выбирать нужные итд.