По Y эстонцы плохо представлены, так что думаю не стоит торопиться с выводами. По крайней мере я предполагаю, что влияние скандинавов было больше в сторону Эстонии, чем Латвии или Литвы.
Зато в исследования по аутосомногу ДНК эстонцы предствленны лучше чем кто либо. В биобанке у эстонцев выборка более 10К на население менее одного миллиона этнических эстонцев. Из тех 10К выбрали 130 образцов пропорционально всем регионам Эстонии.
Откуда вам известно об эстонской выборке в исследовании подгруппы R1a у Underhill et al (2014)? Я могу проверить, если интересно.
Влияние на уровне 5% - это спекуляции. И это влияние на уровне 5% можно определить анализом IBD. Немецкое присутствие сильно ощущалось в Латвии и в Эстонии, однако существовала четкая социальная граница между знатью и крестьянами. A пока я вижу, что по аутосомному ДНК и по Y хромосоме эстонцы и скандинавы отличаются. Анализа по IBD пока я не видел по эстонской популяции.