77 ответов в этой теме

[eugene-march]

Как 2 основных компонента не мешай - 3 примеси от этого не получишь.

Вы читаете предыдущие сообщения? Ваша картинка на предмет близости-удаленности европейских и китайских популяций не показательна.

Хоть 100 примесей, они перпендикулярны близости-удаленности. Компоненты ничего не решают - вариации могут укладываться в 2 компоненты, но расстояния будут огромными, а могут в 4 но с малыми расстояниями.

[galychanyn]

Компоненты ничего не решают - вариации могут укладываться в 2 компоненты, но расстояния будут огромными, а могут в 4 но с малыми расстояниями.

Согласен по части расстояний. К примеру в одной популяции 99% компоненты А и 1% компоненты Б, а у другой - наоборот. Расстояние будет гигантским.
Касательно китайцев я Вам привел карту - на ней 112 китайцев как северных, так и южных. Одновременно на карте присутствуют и европейские популяции. Думаю, что каждый сможет сравнить.

Сообщение изменено: galychanyn, 14 Апрель 2012 - 19:14.

[eugene-march]

А при чем здесь классические маркеры и мтднк? Я вообще-то про аутосому говорил.

1) Метрические пространства универсальны и вездесущи как вся математика - расстояния между китайцами и японцами подчиняются тем же общим законам, что и расстояния между носом и ушами, правой и левой грудью итд итп. Так что хоть по мтднк меряй, хоть по аутосомам принципы работы одни и те же.

2) Количество "примесей" (предковых компонент), из которых составлены две популяции, никак не связано с расстояниями между ними. "Примеси" получаются процедурой классификации аллелей по происхождению. Два разных аллеля одного локуса могут иметь одинаковое происхождение (максимум частоты в одной и той же части света), но если популяция А имеет преимущественно один аллель а популяция Б другой, то это внесет вклад в расстояние между ними. Притом что на % примесей вариации по этому аллелю не повлияют. Не надо сравнивать теплое с мягким .

[galychanyn]

Так что хоть по мтднк меряй, хоть по аутосомам принципы работы одни и те же.

Аутосома дает целостную картину. рассмотрим варианты:
1)y-ДНК - Было население с I2 и G2a. Пришли головорезы перерезали всех мужиков и взяли себе женщин. Население моментально стало преимущественно R1b по y-Днк. При этом их вклад в аутосому может быть 10-20% (в зависимости сколько женщин они себе возьмут и истребят ли все население).
2) мтДнк - уже более сильно коррелирует с аутосомой, как реалистическим показателем примесей, но все же дает только женскую часть картины.
Теперь дальше - генетическое расстояние по у-днк или мтднк:
1000 лет назад у отца было 2 сына - они разошлись с женами,которые приходились одна другой сестрами, в соседние территории, изолировано увеличили свое количество до многих тысяч, у каждого выработался отдельный язык, они и их предки получили много мутации, то-есть стали генетически довольно отдаленными по Y-днк и меньше по мтДнк. Внимание вопрос: Стали ли они при этом разными антропологически? Скорее всего нет (если условия были одинаковыми).
Почему? Так как изначально соотношение компонентов было практически одинаковым, оно и в конце не должно сильно отличаться.

Сообщение изменено: galychanyn, 14 Апрель 2012 - 19:42.

[Санчес]

Так украинцы тоже не 100-процентные славяне - у них велика доля балканской генетики, да и укротюрки так называемые - совсем не миф.

[Vadim Verenich]

Внесу свои пять евроцентов.

В популяционной генетике наиболее общепринятой мерой генетической дистанции между отдельными популяциями является F-статистка Райта, а точнее - индекс фиксации (Fst), который по определению отличается от упомянутого Валерием "генетического расстояния Нея".

Индекс фиксации принимает минимальное значение 0 и максимальное 1. Значение 0 говорит о генетической идентичности, а величина 1 говорит о том, что две популяции являются разными видами.

Anthropologists often cite Lewontin's 1972 work which came to a similar value and interpreted this number as meaning there was little biological differences between human races.[6] On the other hand, while an FST value of 0.12 might be lower than that found between populations of many other species, Henry Harpending pointed out that this value implies on a world scale a "kinship between two individuals of the same human population is equivalent to kinship between grandparent and grandchild or between half sibling

Существует ли связь между компонентами, выявленными в ходе Admixture-анализа и индексом фиксации?
Авторы статьи "Mathematical properties of Fst between admixed populations and their parental source populations" убедительно доказывают, что существует:

Рассмотрим свойства меры генетической дивергенции (Fst) между смешанным населением и его родительской популяцией. В ходе анализе всех возможных смешанных популяций, полученных путем смешивания произвольного набора родительских популяций, мы покажем, что значение F (st) между смешанной популяцией и родительских популяций достигает максимума в том случае, когда смешанная популяция является наиболее удаленной от других родительских популяций. В случае с двумя родительскими популяциями, (в зависимости от значений фракции смешанных генов), мы также показали, что значения F (st) описываются монотонной и выпуклой функцией, исходя из чего можно заключить, что мера генетической дивергенции F (st) является информативной в отношениий дробных значений примеси. Мы проиллюстрируем наши результаты на примере человеческой популяции и генетические данных показывающих, что они служат основой для интерпретации особенностей F (st) в смешанных популяциях.

[Санчес]

И несколько процентов финской генетики по аутосомам - не повод чтобы причислять русских к финоуграм.

[galychanyn]

Так украинцы тоже не 100-процентные славяне

А что такое 100% славянин? Есть отдельный генетический тест на славянство? И русские и украинцы и белорусы - 100% восточные славяне. Украинцы не могут быть тюрками даже с монголоидным типажом, так как не владеют тюркским языком и культурно не соответствуют тюркам. Тоже самое можно сказать и об русских. Ну не могут русские быть финнами - там язык, культура и отношение к жизни совсем другие и мало отличаются от других скандинавских стран. Украинец и русский - это самоидентификация. Генетика здесь ни при чем. Даже скажу по секрету и язык здесь играет не первостепенную роль.

Сообщение изменено: galychanyn, 14 Апрель 2012 - 20:08.

[eugene-march]

Стали ли они при этом разными антропологически? Скорее всего нет (если условия были одинаковыми).
Почему? Так как изначально соотношение компонентов было практически одинаковым, оно и в конце не должно сильно отличаться.

Неизвестно. Всегда надо помнить по факторе Х.
Изменение признаков может происходить двумя путями – в процессе адаптации к условиям среды или в результате генетико-автоматических процессов, зависящих только от численности популяции и разного рода случайностей. Например, бушмены с монголоидным комплексом признаков в Африке. Так что просто повезло им, видимо. Какой-то адаптивности там немного, судя по всему.

[Vadim Verenich]

2) Количество "примесей" (предковых компонент), из которых составлены две популяции, никак не связано с расстояниями между ними. "

Не совсем так. В той же программе Admixture генетическая дивергенция или индекс фиксации расчитывается на основани частот аллелей в "выявленных путем классификации" компонентах.

[hirundo]

Финно-угры, вообще, надо понимать, чисто языковая классификация. Насколько генетически эрзяне похожи на марийцев? И насколько венгры похожи на хантов? А всё финны да угры.

[Санчес]

А что такое 100% славянин? Есть отдельный генетический тест на славянство? И русские и украинцы и белорусы - 100% восточные славяне. Украинцы не могут быть тюрками даже с монголоидным типажом, так как не владеют тюркским языком и культурно не соответствуют тюркам. Тоже самое можно сказать и об русских. Ну не могут русские быть финнами - там язык, культура и отношение к жизни совсем другие и мало отличается от других скандинавских стран. Украинец и русский - это самоидентификация. Генетика здесь ни при чем. Даже скажу по секрету и язык здесь играет не первостепенную роль.

Кровное родство как между людьми, так и между народами - не пустой звук. Славянин есть славянин, а негр есть негр, как бы они не самоидентифицировались.

[Vadim Verenich]

И несколько процентов финской генетики по аутосомам - не повод чтобы причислять русских к финоуграм.

В любой метапопуляции, в том числе метапопуляций "русских", "финнов" присутствует значительное число субпопуляций. Конкретный пример - в ходе последних исследований аутосомного генофонда Финляндии выявленно около 7 хорошо различимых по аутосомным локусам популяций, причем дистанция между этими субпопуляциями довольно значимая.

Сообщение изменено: Vadim Verenich, 14 Апрель 2012 - 20:15.

[Vadim Verenich]

Кровное родство как между людьми, так и между народами - не пустой звук. Славянин есть славянин, а негр есть негр, как бы они не самоидентифицировались.

Идиотiзмъ.

[eugene-march]

Стали ли они при этом разными антропологически? Скорее всего нет (если условия были одинаковыми).
Почему? Так как изначально соотношение компонентов было практически одинаковым, оно и в конце не должно сильно отличаться.

Здесь помнить еще о трансгрессии. Она наблюдается в тех случаях, когда количественное проявление какого-либо признака связано с функционированием двух и более генов- полимерия. При наличии у каждой родительской особи одного или более доминантного гена у потомков могут сочетаться два и более доминантных гена, что будет усиливать проявление данного признака (положительная трансгрессия); аналогичное сочетание рецессивных генов приводит к ослабленному выражению признаков (отрицательная трансгрессия).

Полимерия- или полигения, обусловленность одного сложного признака многими неаллельными генами, действие которых суммируется в признаке. Такие гены называются полигенами. В условиях неоднородной внешней среды полимерия приводит к непрерывной, или количественной, изменчивости признака в популяции. Большинство признаков относится к количественным, например размеры и вес индивида, пигментация, иногда устойчивость к заболеваниям.


Вадим, эта связь не является изометрией, как того хочет Галычанин. Можно говорить о вложении одной метрики в другую с каким-то максимальным (но конечным) искажением, но не об изометрии.

Не совсем так. В той же программе Admixture генетическая дивергенция или индекс фиксации расчитывается на основани частот аллелей в "выявленных путем классификации" компонентах

Это лишь означает что в admixture близость PC к Fst больше, чем при использовании других методов. Но в любом случае, Вадим, работающий с admixture может аргументировать эти вещи лучше.

Вадим, спасибо, что присоединились к обсуждению .

[Санчес]

Финно-угры, вообще, надо понимать, чисто языковая классификация. Насколько генетически эрзяне похожи на марийцев? И насколько венгры похожи на хантов? А всё финны да угры.

Не совсем так, ибо определенный восточный компонент есть почти у всех финоугорских народов.

[Vadim Verenich]

Мне не совсем понятно, почему тут спорят о изометрии/биекции между числом кластеров/компонентами и метрикой, используемой в индексе фиксации. Мне трудно представить отображение чисто статистического параметра как число кластеров/компонентов в виде функции, определяющей расстояния в метрическом пространстве.

[hirundo]

Мне трудно представить отображение чисто статистического параметра как число кластеров/компонентов в виде функции, определяющей расстояния в метрическом пространстве. dolf_ru_325.gif

Да тут всё просто. Мы никак не можем уразуметь, что количество и расстояние суть вещи разные.

[Vadim Verenich]

лишь означает что в admixture близость PC к Fst больше, чем при использовании других методов.

Нет тут никакой близости, так как в основе PCA и вычисления Fst лежат совершенно разные принципы.
Это две совершенно разные меры.

Сообщение изменено: Vadim Verenich, 14 Апрель 2012 - 20:34.

[eugene-march]

Мне не совсем понятно, почему тут спорят о изометрии/биекции между числом кластеров/компонентами и метрикой, используемой в индексе фиксации. Мне трудно представить отображение чисто статистического параметра как число кластеров/компонентов в виде функции, определяющей расстояния в метрическом пространстве.

Это вопрос к Галычанину . Речь шла лишь про значительное расстояние между северными и южными ханями, думаю что оно заметно в любой метрике.

[hirundo]

Не совсем так, ибо определенный восточный компонент есть почти у всех финоугорских народов.

Объясните пожалуйста, а это какой-то именно "финский" компонент?

[hirundo]

Нет тут никакой близости, так как в основе PCA и вычисления Fst лежат совершенно разные принципы.
Это две совершенно разные меры.

Скажите, пожалуйста, где читать матчасть?

[Санчес]

Идиотiзмъ.

Не вижу никакого идиотизма. В упор не вижу.

[Vadim Verenich]

Это вопрос к Галычанину . Речь шла лишь про значительное расстояние между северными и южными ханями, думаю что оно заметно в любой метрике.

Если речь шла между значительном расстоянии между субпопуляциями ханьцев - то это давно известно.
В принципе, если анализировать структуру любой крупной популяции или скажем даже например популяции русских из центральной полосы, то там наверняка будут выявлены более или менее значимые различия при наличии определенных полиморфичных генетических локусов (прежде всего снипов).

Но тут важно помнить, что эта структура в большинстве случаев не явлется инвариантной при увеличении масштаба исследования. То есть в евразийском контексте эта выявленная структура будет менее заметна, а в мировом масштабе вообще исчезнуть (вместо региональных отличий будут заметны только континентальные).

Сообщение изменено: Vadim Verenich, 14 Апрель 2012 - 20:48.

[Vadim Verenich]

Скажите, пожалуйста, где читать матчасть?

По методу главных компонент (PCA) на русском множество литературы, так как это весьма популярный метод статистического анализа данных. Имеет смысл смотреть здесь http://pca.narod.ru/.

По Fst должно быть написано в любом учебнике по попгенетике. На русском языке такие тоже должны быть.

[eugene-march]

Вадим, здесь вопрос в чем?

Действительно ли европейцы (даже весьма отдаленные географически) более близки по общегеномной картине, чем, скажем южные и северные ханьцы?

Сразу скажу- я недостаточно компетентен в этом вопросе. Можно как-то пояснить, есть данные?

[makc]

Вот, на мой взгляд, весьма доступное объяснение МГК: http://www.wikiznani...
Но нелинейные-это жесть какая то

Сообщение изменено: makc, 14 Апрель 2012 - 21:04.

[galychanyn]

Действительно ли европейцы (даже весьма отдаленные географически) более близки по общегеномной картине, чем, скажем южные и северные ханьцы?

Присоединяюсь к вопросу сегодняшнего дня.

[galychanyn]

Речь шла лишь про значительное расстояние между северными и южными ханями, думаю что оно заметно в любой метрике.

Нет, Евгений, все началось совершенно с другого вопроса:

Европейцы разделились считанное число тысяч лет назад, проведя полжизни в ледниковом изгнании, и в отличие от жителей Азии чертовски сходны друг с другом. До безобразия сходны. Все нации разные. Но если Вы имеете в виду какое-то различие в общеевразийском масштабе, то оно ничтожно.

[eugene-march]

Нет, Евгений, все началось совершенно с другого вопроса:

Нет проблем. Давайте вернемся и посмотрим.

Валерий:

Европа суть одно и то же, между двумя китайскими провинциями больше генетическое расстояние чем между самыми удаленными нациями европы.

galychanyn:

Сомневаюсь. В китайцев 2 основных компоненты - в европейцев - как минимум в 3 раза больше.

И вопрос основной- действительно европейцы более гомогенны, чем популяции Азии?