142 ответов в этой теме

[Маджус]

А как определяли эту четверть? Сравнивали с нынешними северными европейцами? А если протоевропеоидных типов было несколько, и разного происхождения - их смогут выявить?

Нет. "Североевропейский" это условное название, моя самодеятельность, так что прошу прощения если термин ввел кого-то в заблуждение. Это тот элемент, который присутствовал в количестве 100% у охотников-собирателей Швеции. Наверное правильнее его назвать "мезолитический" компонент или еще как, потому что скорее всего он был присущ всему(или значительной части) охотничьему донеолитическому населению Европы.
Его варианты наверняка тоже можно разделить, но здесь опять же нужна "большая детализация". Прямо сейчас вряд ли получится.

Но если я правильно понял, это сравнивались две семьи - то-есть в данном случае неважно, разнорасовые или однорасовые, просто нашли некоторые общие гены. А меня все-же интересует, насколько точно можно определить процент инорасовой примеси в человеке, не ища общих генов с другим человеком.

Да установление реального родства это как раз более сложная операция, а африканская, азиатская или еще какая примесь в европейце видна будет сразу.
Конечно если это был его очень далекий предок и рассматриваем человека как индивидуума, чей предок когда-то попал в инорасовую среду и на протяжении столетий все его и его потомков партнеры принадлежали к этой среде, то этот фон будет размываться. Но если мы говорим не об одном человеке, а о какой-то популяции, попавшей в инорасовую среду и имеющей браки как с представителями своего сообщества, так и с представителями больших внешних этносов, то эта составляющая будет сохраняться очень долго, в зависимости от размера этноса может в итоге стать и его характерной особенностью.
А в случае с Обамой у нее то в первую очередь обнаружили европейский гены, а то что они совпали с каким-то конкретным человеком, то это уже дело второе.

[Брут]

Нет. "Североевропейский" это условное название, моя самодеятельность, так что прошу прощения если термин ввел кого-то в заблуждение. Это тот элемент, который присутствовал в количестве 100% у охотников-собирателей Швеции.

То-есть обнаружен в останках? Сколько останков проанализировали? Какие именно гены анализировали?
По поводу аутосом разных рас, то опять-же, какие гены нужно анализировать, чтобы их разделить? Антропологи, к примеру, разделяют по пигментации, структуре волос, телосложению, параметрам черепа и лица - эти ли гены анализировались? Если анализировать по другим генам, то можно войти в большое заблуждение - тот же ген толерантности к лактозе в большом проценте имеется у туарегов. Разделение на расы - это в первую очередь понятие антропологическое.

Сообщение изменено: Брут, 26 Июнь 2012 - 21:02.

[Маджус]

Вероятно из степей юго-востока Европы.

Вот и я о том же. Что рано списывать "курганную гипотезу" на свалку. Дорабатывать, перерабатывать, но не списывать.

Т.е., еще до шнуровиков (начало 3 тыс. до н.э.) был какой-то приток иммигрантов с с юга и востока, видимо.

А я нигде и не утверждал, что первыми ИЕ были шнуровики, а только то, что они ими были и были уже в момент "старта"
Наверняка "просачивание" мигрантов было процессом достаточно долгим и могло начаться еще в позднем неолите.
Мы когда-то делали ставки на результаты тестирования игрека КВК (статьи, которая по идее уже должна была быть опубликована, но увы), я и тогда поставил на то, что там может быть набор "неолитических" гаплогрупп, кто-то из G2, J2, E,T, "аборигенных" I1 и I2b1 и возможно уже "подошедшие" на поздних этапах культуры в ее восточный ареал R1a1. В принципе и сейчас ставку менять не буду.

[Маджус]

То-есть обнаружен в останках? Сколько останков проанализировали?

Да. Двое.

Какие именно гены анализировали?
По поводу аутосом разных рас, то опять-же, какие гены нужно анализировать, чтобы их разделить? Антропологи, к примеру, разделяют по пигментации, структуре волос, телосложению, параметрам черепа и лица - эти ли гены анализировались? Если анализировать по другим генам, то можно войти в большое заблуждение - тот же ген толерантности к лактозе в большом проценте имеется у туарегов. Разделение на расы - это в первую очередь понятие антропологическое.

Хм. Боюсь вы не совсем поняли.

Аутосомами у живых организмов с хромосомным определением пола называют парные хромосомы, одинаковые у мужских и женских организмов. Иными словами, кроме половых хромосом, все остальные хромосомы у раздельнополых организмов будут являться аутосомами.
Аутосомы обозначают порядковыми номерами. Так, у человека в диплоидном наборе имеется 46 хромосом, из них — 44 аутосомы (22 пары, обозначаемые номерами с 1-го по 22-й) и одна пара половых хромосом (XX у женщин и XY у мужчин).

[Краки Нифлунг]

Ну вот,к какому то консенсусу пришли.Только непонятно отчего был спор.Данные генетики ничем не опровергают данных археологии.Ясно что было вторжение с востока на запад тех же кшк.Этот момент никем не опровергается.И это совсем не ключевой фактор в курганной гипотезе.

[профессор Перзеев]

Ну вот,к какому то консенсусу пришли.Только непонятно отчего был спор.Данные генетики ничем не опровергают данных археологии.Ясно что было вторжение с востока на запад тех же кшк.Этот момент никем не опровергается.И это совсем не ключевой фактор в курганной гипотезе.

Тут вот что еще принципиально. Теория периодизации и само понятие неолита в Европе совершенно иные, чем у нас, допустим в России, на Украине и т.д. Не буду утверждать, но у меня сложилось впечатление, что там это зависит... как бы это охарактеризовать понятнее, от "школ" что ли.
Вот мы тут говорим неолит ( имея ввиду зарубежную Европу в целом). Но для Балкан неолит это одно, а для Центральной и Северной Европы совсем другое.
Возьмем КВК. Экстерриториально это будет и ранний неолит и средний неолит и поздний неолит, по предствавление европейских исследователей. Но ранняя КВК это совсем другое, чем поздняя, например Баальберг с его курганами.
Или вот, к примеру, взять культуру боевых топоров и шнуровой керамики. В Центральной и Северной Европе кто-то относит ее к позднему неолиту, причем целиком, считая что энеолита здесь не было. А эпоха бронзы началась только с ККК. Другие, наоборот, к энеолиту.Кто-то к неолиту и энеолиту.Первое мнение встречается чаще. А в Росии КШК это уже эпоха бронзы.
Такая же история с Баденом. Где-то, точнее для кого-то, это неолит, а где-то уже энеолит.
Тоже самое можно сказать о Культуре Шаровидных Амфор.
А на Балканах вообще иная периодизация.
Поэтому если, допустим, мы говорим о Центральной Европе и неолите, то нужно понимать, что ранний неолит это одно, а поздний совсем другое, причем другое принципиально. Иначе возникает путаница и недопонимание: какой "неолит" то имеется ввиду?
Вообще, чтобы избегать недопонимания, лучше говорить о культурах и временных периодах. А то так получается, что один имеет в виду одно, а другой совсем иное.

Теперь о т. н. "курганной гипотезе". На самом деле ее никто не отрицает целиком и не списывает со счетов. Здесь, похоже, тоже большое недопонимание. Смешение на Нижнем Дунае населения культуры типа Средний Стог с местным населением и возникновение культуры Черновода-I неоспоримый факт.
Также нужно понимать, что нет никакой единой "курганной культуры": есть культуры Мариупольского типа, Постмариупольского, Доямный горизонт, Ямная культура и т.д. И есть условно называемая " курганная гипотеза".
И речь идет о том, чтобы разобраться в процессах, происходивших после сложения культуры типа Черновода-I.

[Брут]

Аутосомами у живых организмов с хромосомным определением пола называют парные хромосомы, одинаковые у мужских и женских организмов. Иными словами, кроме половых хромосом, все остальные хромосомы у раздельнополых организмов будут являться аутосомами.
Аутосомы обозначают порядковыми номерами. Так, у человека в диплоидном наборе имеется 46 хромосом, из них — 44 аутосомы (22 пары, обозначаемые номерами с 1-го по 22-й) и одна пара половых хромосом (XX у женщин и XY у мужчин).

Это я знаю. Но ведь в аутосомах сосредоточено большинство генетической информации. Меня интересует, что вообще анализировалось, и как по этому можно определять разницу в расах. К примеру, гаплогруппа У-хромосомы - это группа схожих гаплотипов, она четко передается по отцовской линии, не подвержена (или практически не подвержена) естесственному отбору и не зависит от расового типа человека. Что удобно - то, что со временем относительно мало изменяется и можно обнаружить предка по отцовской линии давностью в тысячелетия. А что именно анализируется в аутосомах, как оно передается от родителей, как оно изменяется со временем, как оно зависит от рас?

[Маджус]

А что именно анализируется в аутосомах, как оно передается от родителей, как оно изменяется со временем, как оно зависит от рас?

От рас? В общем-то это как раз в аутосомах вся наследственная информация - фенотип, рост, пигментация, склонность к заболеваниям и т.д. и т.п.
Производится секвенирование ДНК (Секвенирование (sequencing) – это общее название методов, которые позволяют установить последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК.) Затем извлекая и исследуя определенные гены(или наборы генов) можно анализировать этническую составляющую индивида, его болезни, цвет волос и глаз и т.д.

[Брут]

От рас? В общем-то это как раз в аутосомах вся наследственная информация - фенотип, рост, пигментация, склонность к заболеваниям и т.д. и т.п.
Производится секвенирование ДНК (Секвенирование (sequencing) – это общее название методов, которые позволяют установить последовательность нуклеотидов в молекуле ДНК.) Затем извлекая и исследуя определенные гены(или наборы генов) можно анализировать этническую составляющую индивида, его болезни, цвет волос и глаз и т.д.

Вот меня и интересует, какие именно гены исследовались, когда определяется этническая/расовая принадлежность. К примеру, многие протоевропеоиды палеолита/мезолита/неолита Европы (в том числе Восточной) имели некоторые тропические черты телосложения - длинные руки и ноги, и при этом голень длинная по сравнению с бедренной костью, а предплечье длинное по сравнению с плечем. По этой характеристике протоевропеоиды сближаются с нынешними африканскими популяциями и далеки от нынешних европейцев (хотя они дали значительный вклад в развитие нынешних европейцев, но за тысячелетия сильно изменились). Теперь ясно, что если характеризовать гены, связанные с телосложением, то протоевропеоиды будут во многом сближаться с негроидами, а не с нынешними европеоидами. Так какие гены нужно анализировать, чтобы четко разделять расы и их подтипы? У антропологов есть целые таблицы, указывающие конкретные параметры, по которым они определяют антропологический тип, а за эти параметры в общей сложности отвечают многие тысячи генов. Я на 100% уверен, что генетики не могут при исследовании аутосом проанализировать все эти гены (если их они вообще расшифровали).

[zagross]

Вот меня и интересует, какие именно гены исследовались, когда определяется этническая/расовая принадлежность. К примеру, многие протоевропеоиды палеолита/мезолита/неолита Европы (в том числе Восточной) имели некоторые тропические черты телосложения - длинные руки и ноги, и при этом голень длинная по сравнению с бедренной костью, а предплечье длинное по сравнению с плечем. По этой характеристике протоевропеоиды сближаются с нынешними африканскими популяциями и далеки от нынешних европейцев (хотя они дали значительный вклад в развитие нынешних европейцев, но за тысячелетия сильно изменились). Теперь ясно, что если характеризовать гены, связанные с телосложением, то протоевропеоиды будут во многом сближаться с негроидами, а не с нынешними европеоидами. Так какие гены нужно анализировать, чтобы четко разделять расы и их подтипы? У антропологов есть целые таблицы, указывающие конкретные параметры, по которым они определяют антропологический тип, а за эти параметры в общей сложности отвечают многие тысячи генов. Я на 100% уверен, что генетики не могут при исследовании аутосом проанализировать все эти гены (если их они вообще расшифровали).

Прошу прощения за оффтоп...

Афалумехтоиды / магрибские кроманьоиды (а они чуть ли не со среднего палеолита, если говорить об атерийцах) в Северо-Западной Африке очень близки верхнепалеолитическим кроманьоидам Европы (шире и дальше – приледниковой Евразии и даже Америки). Исход из Африки через Гибралтарский перешеек также вполне вероятен (как и, спустя тысячелетия, вливание сибирских кроманьоидов в поток переселенцев через Берингов перешеек в Америку, где кроманьоидные черты проявляются и в доколумбовом времени).

Если говорить о солютрейской трансатлантической гипотезе происхождения культуры Кловис, то
ИМХО
стремительное распространение археокультуры (какими-то «инуитоподобными» по навыкам лёдомореплавателями?) вдоль ледяного фронта, да ещё и при деградации ледников в Атлантике как-то довольно спорно… тем более, из Испании именно на территорию штата Нью-Мексико. А они не на противоположных берегах океана.
Да и солютреморфные артефакты встречаются и на просторах России.
Хотя, вроде и на территории Пенсильвании, Флориды и Верджинии тоже.

Сообщение изменено: zagross, 29 Июнь 2012 - 12:26.

[Брут]

Прошу прощения за оффтоп...

Афалумехтоиды / магрибские кроманьоиды (а они чуть ли не со среднего палеолита, если говорить об атерийцах) в Северо-Западной Африке очень близки верхнепалеолитическим кроманьоидам Европы (шире и дальше – приледниковой Евразии и даже Америки). Исход из Африки через Гибралтарский перешеек также вполне вероятен

Согласен, я подобный вопрос послал Дробышевскому. Жду, ответит ли.

[Маджус]

Вот меня и интересует, какие именно гены исследовались, когда определяется этническая/расовая принадлежность.

Когда-то на Молгене пытались сделать удобоваримую брошюру по аутосомному тестированию.Получилось не очень, идея заглохла. Но процитирую из написанного тогда Вадимом, лучше у меня точно не получится:

"У человеков ДНК совпадает больше чем на 99%, но некоторые позиции генкода (одиночные нуклеотидные полиморфизмы, то есть снипы) изменчивы и есть вероятность, что у двух случайных людей они будут различны.
В чем тут соль? В том, что большинство поциентов путают понятия базовая пара или просто пара нуклеотиодов (bp, b) и однонуклеотидный полиморфизм (single nucleotide polymorphism, SNP).

Что такое базовая пара?

Это пара оснований (баз) нуклеотидов. Каждый нуклеотид состоит из азотистого основания, сахара (дезоксирибозы) и фосфатной группы. Связи между нуклеотидами в цепи образуются за счёт дезоксирибозы и фосфатной группы. В подавляющем большинстве случаев (кроме некоторых вирусов, содержащих одноцепочечную ДНК) макромолекула ДНК состоит из двух цепей, ориентированных азотистыми основаниями друг к другу. Эта двухцепочечная молекула спирализована. В целом структура молекулы ДНК получила название «двойной спирали». Нуклеотиды соединяются по принципу комплементарности: это означает, грубо говоря, что четыре вида азотистых оснований (аденин, гуанин, тимин и цитозин) соединены с азотистыми основаниями другой цепи водородными связями согласно принципу комплементарности: аденин соединяется только с тимином, гуанин — только с цитозином.
Сколько всего базовых пар в ядерном геноме человека ?
По последним оценкам, хромосомы в общей сложности содержат приблизительно 3 миллиарда пар оснований нуклеотидов ДНК.
Почему тогда 23andme, Decodme и FTDNA "тестируют" гораздо меньшее количество базовых пар - примерно 300 000-500 000?
Грубо говоря, эти (и другие компании) тестируют не базовые пары, а именно снипы.
Что такое снип?
Это однонуклеотидный полиморфизм — отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) или одной "генетической буквы" в "генетическом тексте" - геноме (или в другой сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосом индивида. Две последовательности ДНК — AAGCCTA и AAGCTTA — отличаются на один нуклеотид. В таком случае, говорят о существовании двух аллелей (антикомплиментарных нуклеотидов): C и T.
Почему число снипов и базовых пар не совпадает?
Говоря простым языком, большинство развернутых из ядерной ДНК и митохондрионов ДНК-цепочек (сиквенсов) не обладают полиморфизмом - то есть изменчивостью аллелей. Поэтому у всех мировых поциентов в этих "базах" будут всегда одни и те же "буковки". Поэтому они не имеют практического значения для выявления различий или сходства как между поциентскими популяциями, так и отдельными поциентами.
А вот изменчивые базы или снипы - в силу своей изменчивости -как раз и позволяют сравнивать поциентов друг с другом
В сравнении с чем определяются снипы и сколько их существует?
Снипы определяются по референсному геному человека. Поэтому в научной литературе обозначение снипов начинается с индекса rs -reference sequence.
У меня нет точных сведений о числе выявленных снипов. По-моему, научный проект HapMap использует при тестировании комбинированную снип-решетку (мультиснип-чипсет) из примерно 1 500 000 (1.5 M) снипов. Кроме того, в коммерческом и научном обороте используются главным образом мультиснип-чипсеты Illumina (300K, 500K, 550K) и Affymetrix (100K, 330K, 500K)."

Я на 100% уверен, что генетики не могут при исследовании аутосом проанализировать все эти гены (если их они вообще расшифровали).

Вам везет, уверены на 100%, а я не считаю себе таким уж спецом в генетике, чтобы делать такие выводы. Мне просто интересно как ві себе представляете этот процесс? Если как работу с микроскопом то это очень далеко от истины. Вот как Вадим описывал свои первые попытки работы по этно-популяционному анализу:

"Решил я взяться за этно-популяционные admixture-анализы. В качестве тренировки отработал данные из панели HGDP (Conrad et al. (2006) ) -массив данных по примерно 2800 снипам 927 индивидов из 52 популяций.
http://rosenberglab....sity.html#data5
http://rosenberglab....npDownload.html
Данные обрабатывались в самой доступной программе анализа популяционной структуры- Structure.
Программа отработала цикл из 60 000 MCMC-запусков (40 000 до burnin, 20 000 после burnin c интервалом "прожига" в 100 запусков), на что ушло примерно около 30 часов непрерывной работы серверного процесса. Запуск проводился при K=7 (заданное количество кластеров)
На выходе получил Q-матрицу кластерных компонентов между популяциями, а также аналогичную матрицу для всех проанализированных 927 индивидов.
Из 7 заданных кластеров, 5 кластерами была присвоена недвусмысленная генетическая аттрибуция.
Вопросы возникают лишь при интерепретации 2 и 7 кластеров (я дал им условные обозначения West-Asian и South-Asian). Но это спорно.
Визуализация матрицы в виде "пирога
..Только вот в admixture-структурном анализе популяций с Виндой делать нечего.
Самый эфективный софт -типа ADMIXTURE, EIGENSOFT - был писан под Линух, да к тому же и с расчетом на параллелизацию компьютерных вычислений (на нескольких машинах)."

Вот Вадим решил сделать свой проект:

"Первая фаза проекта (примерно 50 участников):
1) подключение референсов белорусской, литовской и польских популяций
2) создание мастер-файла в Рlink
3) обработка данных в Plink -вычисление IBS матрицы, расчеты данных гомозиготности (группировка по совпадающим сегментам, кластеризация), структуризация, выявление "глубоких" IBD (HIR)-сегментов и их кластеризации, выявление гаплоблоков и пр.
4) создание MDS-графика с отображением участников проекта.
4) анализ IBD-сегментов в AIS-convert.
5) фазирование гентотипов в Beagle
6) вывод данных в Structure и анализ структуры (admixture) участников проекта
По мере решения проблем с Germline, планируется расширенный анализ гаплотипных IBD-сегментов, а также по мере получения доступа к Linux-машине -admixture-анализ генотипов в программе Admixture.
На выходе участники проекта получат всевозможные данные, в том числе и следущие графики."

Почему цитирую Вадима? Просто потому что он автор одного из четырех существующих в мире подобных проектов, плюс спецы из серьезных лабораторий.

[Брут]

Вам везет, уверены на 100%, а я не считаю себе таким уж спецом в генетике, чтобы делать такие выводы. Мне просто интересно как ві себе представляете этот процесс?

Я представляю процесс следующим образом - расшифровуются конкретные гены, отвечающие именно за расовые особенности популяции, то-есть по которым можно четко разделять все расовые подтипы и это все коррелируется с известными данными антропологии. А то простое сравнение последовательностей нуклеотидов без понимания, за что конкретный ген отвечает ничего в этом отношении не даст. Надо четко знать, что именно анализировать, потому что, как я говорил выше, по некоторой части генов две популяции европейцев могут отличаться сильнее, чем одна из них от африканцев. Далеко не все отличия генома отдельных популяций - это расовые особенности. Кроме того, нужно четко знать ( в особенности если сравнивать с древними популяциями), какие именно гены не спонтанно появляются и распространяются в независимых популяциях, а именно являются примесью какого-то древнего субстрата.

[Маджус]

А то простое сравнение последовательностей нуклеотидов без понимания, за что конкретный ген отвечает ничего в этом отношении не даст. Надо четко знать, что именно анализировать, потому что, как я говорил выше, по некоторой части генов две популяции европейцев могут отличаться сильнее, чем одна из них от африканцев.

То есть сейчас не знают что анализируют?
То что вы говорили о том что некоторые популяции европейцев отличаются друг от друга сильнее чем от африканцев я помню, но тогда наверное нужно сказать по какой "некоторой " части генов они отличаются.

Далеко не все отличия генома отдельных популяций - это расовые особенности.

То есть вы считаете, что для популяционного анализа достаточно обработать не несколько сот тысяч снипов, а всего лишь сравнить десяток-два, отвечающих за пигментацию, цвет глаз, что там еще?
Если вам так интересно, я могу посмотреть наименование снипа, отвечающего за светлый цвет глаз, у меня(23иЯ) и у тохар трехтысячелетнего возраста из Синцзяна он одинаковый. И что? Думаю на этноплоте мы с ними будем достаточно далеко.
Что вы так на расах зациклились, вроде не 19 век на дворе?

Кроме того, нужно четко знать ( в особенности если сравнивать с древними популяциями), какие именно гены не спонтанно появляются и распространяются в независимых популяциях, а именно являются примесью какого-то древнего субстрата.

Что значит "спонтанно появляются и распространяются"? Мне вот непонятно, вы что правда считаете идиотами например авторов последней статьи по дДНК из Испании, которые подвели итогом, что современное население не родственно генетически населению мезолита Иберии? Что они реально себе не представляют что и с чем нужно сравнивать и какие выводы можно публиковать под своим именем в серьезном научном журнале?

[Брут]

То что вы говорили о том что некоторые популяции европейцев отличаются друг от друга сильнее чем от африканцев я помню, но тогда наверное нужно сказать по какой "некоторой " части генов они отличаются.

По очень значительной части генов могут отличаться.

То есть вы считаете, что для популяционного анализа достаточно обработать не несколько сот тысяч снипов, а всего лишь сравнить десяток-два, отвечающих за пигментацию, цвет глаз, что там еще?

Почему десяток-два? Их там тоже тысячи наберется.

Если вам так интересно, я могу посмотреть наименование снипа, отвечающего за светлый цвет глаз, у меня(23иЯ) и у тохар трехтысячелетнего возраста из Синцзяна он одинаковый.

То-естьу всех людей со светлыми глазами одинаковый ген?

Что вы так на расах зациклились, вроде не 19 век на дворе?

Что значит "спонтанно появляются и распространяются"?

Например тот же ген толерантности к лактозе. У европейцев и африканцев. Появился спонтанно и раздельно. Закрепился благодаря особенностям хозяйствования. О родстве разных популяций ничего сказать не может. А теперь возьмем какую-то разделившуюся популяцию, часть которой попала, скажем, в условия севера. Допустим, у этой части за тысячелетия существенно изменилась форма и рельеф головы, размеры лица, носа, уменьшился рост, утолщились кости, пропорции конечностей изменились, мышечная масса и жировой покров увеличились, уменьшилась обволошенность, обмен веществ приспособился для холодного климата и животной пищи, увеличились легкие, печень и почки стали по-другому функционировать, приспособившись к масо-жировой диете. В результате популяция кардинально стала не похожа на своих дальних родственников, оставшихся на юге. И Вы думаете, что изменился только десяток генов? В результате популяция, оставшаяся на юге, похожа на другую южную популяцию, которая первоначально не родственная,больше, чем на своих ушедших на север родственников. Что в таком случае может показать аутосомный анализ?

[Брут]

Да, кстати, тот же Вадим (если не ошибаюсь) писал на молгене:

В работе (Heath et al. 2008) высказано мнение о том, что среди тысяч возможных генетических маркеров, наиболее точно (в историко-географическом) ракурсе популяции разделяют 3 аутосомных маркера:



1.ген LCT (lactase-phlorizin hydrolase) 2q21 (хромосома 2) - т.н ген "лактазной толерантности"
2.генный комплекс HLA (major histocompatibility complex) (хромосома 6) - MHC -комплекс - отвечает за иммуную систему
3. HERC2 (hect domain and RLD 2) -отвечает за цвет глаз и пигментацию.

http://forum.molgen....pic,1448.0.html

И даже эти маркеры "точно" не разделают - тот же пример с лактазной толерантностью, у индусов и африканцев превышающей таковую у южных европейцев, но меньшей, чем у северных. Пигментация аналогично - светлопигментированные калаши с одной стороны, австралоиды с другой, кабилы - с третьей. скандинавы - с четвертой и тд.

[RUMALI]

И даже эти маркеры "точно" не разделают - тот же пример с лактазной толерантностью, у индусов и африканцев превышающей таковую у южных европейцев, но меньшей, чем у северных. Пигментация аналогично - светлопигментированные калаши с одной стороны, австралоиды с другой, кабилы - с третьей. скандинавы - с четвертой и тд.

1. У скотоводческих африканских племен толерантность к лактозе развилась независимо от европейцев и определяется совершенно другими генами. Кстати у северных монголоидов из центральной азии тоже самое.
2. Светлая пигментация волос у австралоидов, скандинавов как минимум развилась независимо и определяется разными генеми. Даже темный цвет кожи у австралоидов и негров тоже определяется разными генами.

[Маджус]

По очень значительной части генов могут отличаться.

То что европейские популяции имеют между собой различия, это ясно. То что по какой-то части генома у них отличий больше, чем с некоторыми африканскими популяциями, это с чего вы взяли?

Почему десяток-два? Их там тоже тысячи наберется.

Тысячи чего? Если вы о генах, то у человека их что-то около 30 000 кажется.
Или тысячи различий в фенотипе?

То-естьу всех людей со светлыми глазами одинаковый ген?

Да вроде про мутацию Эйберга достаточно уже на форуме написано - снип rs12913832.
http://www.medic-tod...khozhdenie.html

Например тот же ген толерантности к лактозе. У европейцев и африканцев. Появился спонтанно и раздельно. Закрепился благодаря особенностям хозяйствования. О родстве разных популяций ничего сказать не может.

Ну и? Как же не может? Так вот же вам, пожалуйста один из генетических маркеров, позволяющих устанавливать генетические барьеры популяций. Мутации произошли у разных популяций на одном участке, но их характеризуют разные снипы. У европейцев (у всех) это SNP rs4988235, у тех же африканцев другой.

А теперь возьмем какую-то разделившуюся популяцию, часть которой попала, скажем, в условия севера. Допустим, у этой части за тысячелетия существенно изменилась форма и рельеф головы, размеры лица, носа, уменьшился рост, утолщились кости, пропорции конечностей изменились, мышечная масса и жировой покров увеличились, уменьшилась обволошенность, обмен веществ приспособился для холодного климата и животной пищи, увеличились легкие, печень и почки стали по-другому функционировать, приспособившись к масо-жировой диете. В результате популяция кардинально стала не похожа на своих дальних родственников, оставшихся на юге. И Вы думаете, что изменился только десяток генов? В результате популяция, оставшаяся на юге, похожа на другую южную популяцию, которая первоначально не родственная,больше, чем на своих ушедших на север родственников. Что в таком случае может показать аутосомный анализ?

Можно еще по склонности к болезни Паркинсона сравнивать...
Да наверное сравнивать нужно как и в антропологии по наиболее стабильным и надежным генетическим маркерам.
Я не знаю сколько там мутаций произоидет в указанных вами случаях и произоидут ли они, но рассуждая гипотетически, вы говорите о снипах, которые возникнут и закрепятся у определенной популяции, в дальнейшем выделяя этнос из окружающих. НО ведь до того момента как популяция выделилась из какого-то этноса у нее ведь будут общие с другими потомками того этноса гены?

Вот как это было 10 лет назад, Животовский:

"Были исследованы 1056 человек из 52 этнических групп из различных регионов мира – экваториальной, южной и
северной Африки, западной, центральной и восточной Азии, Европы, Океании, Центральной и Южной Америки,
биологические образцы которых хранятся в виде клеточных культур (The HGDP-CEPH Human Genome Diversity
Cell Line Panel, Cann et al., 2002). Индивиды относились к определенной этнической группе согласно их самооп-
ределению и были генотипированы по 404 STR-локусам в The Mammalian Genotyping Service (см. http://
research.marshfieldclinic.org/genetics/sets/combo.html, Marshfield Panel #10), охватывающим все хромосомы, вклю-
чая половые; из них были выбраны 377 аутосомных локусов (данные доступны по адресу http://
research.marshfieldclinic.org/genetics/Freq/FreqInfo.htm). После того как все индивиды были генотипированы, полу-
ченные данные анализировали следующим образом. Задавали определенное число K (от 2 до 5 ÷ 6) и затем использова-
ли алгоритм «structure» (Pritchard et al., 2000), чтобы подразделить всех 1056 индивидов на K «ДНК-групп» в соответст-
вии со степенью их сходства по исследованным 377 локусам – без использования информации об их этнической при-
надлежности. После того как были сформированы ДНК-группы, определяли, в какую из них попали индивиды той или
иной этнической группы. На диаграммах оригинала (Rosenberg et al., 2002; см. также Животовский, 2004б) группы
были представлены разным цветом. Здесь диаграммы могли быть воспроизведены лишь в черно-белом варианте.
На диаграммах все популяции отделены друг от друга вертикальной чертой. В пределах популяции каждый инди-
вид представлялся вертикальной полосой с одной или несколькими цветами пропорционально тому, какая доля
локусов отвечает соответствующей группе. Например, при K = 5 обе популяции из Океании (Ок), хотя они отчет-
ливо отличаются от других групп, содержат индивидов, имеющих локусы, характерные для народов Восточной
Азии и Западной Евразии, а в одной из популяций экваториальной Африки (пигмеи племени биака) имеется инди-
вид, скорее относящийся к группе популяций из Западной Евразии. Оказалось, что по сходству ДНК практически
все индивиды распределились по большим группам соответственно их географической принадлежности. А имен-
но: при разбиении выборки на две группы (K = 2) в одну из них попали все представители негроидной
(африканской, или черной) и европеоидной (евразийской, или белой) рас, а в другую – монголоидной (Восточная
Азия и американские индейцы) и океанийской рас. При K = 3 первая группа разделилась на африканскую и евра-
зийскую расы, при K = 4 из второй группы отделились американские индейцы, а при K = 5 выделилась океаний-
ская раса. Многие индивиды несли большинство признаков своей расы. Но некоторые при этом имели значитель-
ную долю признаков другой расы. Дальнейший анализ (не показан на рисунке из-за невозможности воспроизведе-
ния цветной гаммы) показал, что в пределах каждой географической расы выделение групп популяций не было
уже столь явным. Например, евразийская раса хорошо подразделяется на народы Европы, Ближнего Востока и
Центральной/Южной Азии, но в их пределах наблюдается значительное перекрытие (см. Rosenberg et al., 2002;
Животовский, 2004а, б, 2005а). Хорошо идентифицируются все аборигенные популяции – вероятно, вследствие
генетического дрейфа, вызванного их небольшой численностью. Например, среди африканских выборок отчетли-
во выделяются представители старейших (из тех, что изучены здесь) племен – охотников-собирателей: пигмеев
(биака и мбути) и сан, однако гораздо более многочисленные банту-говорящие народы не разделяются данным
методом; американские индейцы четко разбиваются на все пять из имевшихся в данном исследовании племен:
пима и майя из Центральной Америки, колумбийцы из севера Южной Америки, суруи и каритиана из бассейна
Амазонки; два исследованных народа Океании также хорошо отделяются один от другого. "

То есть уже тогда было видно, что при большей детализации и соответствующем подборе локусов для исследования можно будет в исследованиях продвигаться гораздо дальше, чем Африка-Азия. К чему собственно и пришли спустя годы.

[Маджус]

Да, кстати, тот же Вадим (если не ошибаюсь) писал на молгене:

Так проще у самого Вадима и спросить, как он относится к этнопопуляционному анализу и доверяет ли его результатам

И даже эти маркеры "точно" не разделают - тот же пример с лактазной толерантностью, у индусов и африканцев превышающей таковую у южных европейцев, но меньшей, чем у северных. Пигментация аналогично - светлопигментированные калаши с одной стороны, австралоиды с другой, кабилы - с третьей. скандинавы - с четвертой и тд.

Смотрите выше - если ваш организм нормально усваивает лактозу, вы европеоид, но снип, отвечающий за это у вас африканский, то ищите среди предков негра. У европейцев за это отвечает совершенно иной снип.
Если у вас голубые глаза, то у нас с вами был общий предок, живший когда-то в Европе, скорее всего в Восточной. Во всяком случае у всех исследованных на нынешний момент светлоглазых людей за эту мутацию отвечает именно этот ген. Если у вас светлые волосы и мутация в TYRP1, то без вариантов - вы папуас, ну и т.д. и т.п.

[Краки Нифлунг]

в случае с мутацией Эйберга все же непонятно-речь идет лишь о голубых глазах или о светлых вообще.Да и как быть с гуанчами.Мне кажется маловероятно,что была какая то миграция из Причерноморья на Канары

[Маджус]

в случае с мутацией Эйберга все же непонятно-речь идет лишь о голубых глазах или о светлых вообще.Да и как быть с гуанчами.Мне кажется маловероятно,что была какая то миграция из Причерноморья на Канары

А что с гуанчами? Если действительно у них были голубые глаза, то когда-нибудь произведут сиквенс генома и определят какая мутация у них отвечает за этот признак. Если какая-то иная, то это будет этномаркирующим признаком североафриканских популяций.
Пока же у всех исследованных голубоглазых людей за это отвечает один и тот же снип. Не вижу, с чем здесь спорить? Найдут у кого-то другой снип, будет повод для разговора, а сейчас в чем сомнения?
И если помните, были исследованы дДНК гуанчей, там правда были не аутосомы, а мито и игрек. Так вот по игреку кроме типичных североафриканских Е там были:
E1a* - 3,33%,
E1b1b1a* -23,3%,
E1b1b1b*-26,67%,
I* -6,67%,
J1* - 16,67%,
K* - 10%,
P* - 3,33%,
R1b1b2 - 10%.
Tenerife(2210 ± 60 to 1720 ± 60 BP), Gomera (1743 ± 40 to 1493 ± 40 BP), Hierro (1740 ± 50to 970 ± 50 BP) and Gran Canaria (1410 ± 60 to 750 ± 60 BP).

То есть даже если на момент прихода испанцев у аборигенов были голубые глаза, остается не очень понятным были ли они таковыми например до прихода R1b1b2 ? Или это они принесли с собой эту мутацию? Если они, то это опять будет мутация Эйберга.

[Краки Нифлунг]

а что с цветом?Светлые вообще или только голубые?

[Маджус]

Голубые.

[Брут]

Смотрите выше - если ваш организм нормально усваивает лактозу, вы европеоид, но снип, отвечающий за это у вас африканский, то ищите среди предков негра. У европейцев за это отвечает совершенно иной снип.
Если у вас голубые глаза, то у нас с вами был общий предок, живший когда-то в Европе, скорее всего в Восточной. Во всяком случае у всех исследованных на нынешний момент светлоглазых людей за эту мутацию отвечает именно этот ген. Если у вас светлые волосы и мутация в TYRP1, то без вариантов - вы папуас, ну и т.д. и т.п.

Допустим у африканцев другой снип. А у индусов и других азиатов?

Оказалось, что по сходству ДНК практически
все индивиды распределились по большим группам соответственно их географической принадлежности. А имен-
но: при разбиении выборки на две группы (K = 2) в одну из них попали все представители негроидной
(африканской, или черной) и европеоидной (евразийской, или белой) рас, а в другую – монголоидной (Восточная
Азия и американские индейцы) и океанийской рас.

Например, среди африканских выборок отчетли-
во выделяются представители старейших (из тех, что изучены здесь) племен – охотников-собирателей: пигмеев
(биака и мбути) и сан

Интересно, сан попали в негроидную группу?

американские индейцы четко разбиваются на все пять из имевшихся в данном исследовании племен:
пима и майя из Центральной Америки, колумбийцы из севера Южной Америки, суруи и каритиана из бассейна
Амазонки; два исследованных народа Океании также хорошо отделяются один от другого. "

Вы не забывайте, что обследовались небольшие народы, причем жившие довольно изолированно и имеющие отличный один от другого антропологически тип. То-есть ничего нового эти данные не дали - только лишь доказали известный факт, что эти народы немного генетически отличаются. Кроме того, тот же пример, если сравнивать хазарейцев с монголами, можно также найти много общего - ведь монголы являлись одними из ихних предков, причем прошло со времени разъединения монгольской популяции меньше тысячелетия - то-есть как антротип, так и в общем гены мало успели поменяться. Другое дело, если сравнивать популяции давностью в несколько тысячелетий. Кроме того - то, что Европа и западная Азия частично перекрываются, не является чем-то новым, ведь была и неолитическая, и более давние и новые миграции из Азии и наоборот. Другое дело то, что эти исследования не могут точно показать процент примесей, о каком Вы говорили выше, сравнивая русских с мезолитическими охотниками, они лишь могут показать качественный результат, давно уже известный.

[eugene-march]

К примеру, многие протоевропеоиды палеолита/мезолита/неолита Европы (в том числе Восточной) имели некоторые тропические черты телосложения - длинные руки и ноги, и при этом голень длинная по сравнению с бедренной костью, а предплечье длинное по сравнению с плечем. По этой характеристике протоевропеоиды сближаются с нынешними африканскими популяциями и далеки от нынешних европейцев (хотя они дали значительный вклад в развитие нынешних европейцев, но за тысячелетия сильно изменились).

Тропические пропорции доминировали в верхнем палеолите (хотя есть и исключения - Шанселяд, например), но в мезолите и тем более неолите они уже далеко не норма. Где-то к концу верхнего палеолита тропические пропорции в Европе становятся скорее исключением.

Про гены мезолита и неолита: неолит следует за мезолитом. ВСЕ гены неолитчиков достались им от мезолитчиков, а не возникли в одночасье. Другое дело, что не ВСЕ гены мезолитчиков сохранились в неолите. Ясное дело, мешались ещё миграции, но приходили не некие новые неолитические гены, а всё те же "мезолитические", только с другой территории. В итоге, мы имеем в новой эпохе малую генетическую выборку из предыдущей, только плюс мутации и генный дрейф, и иногда на другой территории.

Однородность мезолитчиков Европы много раз доказывалась. Она даже довольно таки удивительна, учитывая разнообразие верхнего палеолита. Хотя абсолютизировать тоже не надо.

[Брут]

Тропические пропорции доминировали в верхнем палеолите (хотя есть и исключения - Шанселяд, например), но в мезолите и тем более неолите они уже далеко не норма. Где-то к концу верхнего палеолита тропические пропорции в Европе становятся скорее исключением.

Именно поэтому я не говорил обо всем населении Земли того времени, а лишь о многих протоевропеоидах Европы - а тропические черты были характерны для многих вплоть до неолита (тот же надпорожско-приазовский тип)

Однородность мезолитчиков Европы много раз доказывалась.

Кем доказывалась? То, что они имели некоторые сходные черты, вовсе не означает их генетическую родственность - это во-первых. Во-вторых, мезолит очень плохо изучен. В-третьих, в той же Восточной Европе был не один протоевропеоидный тип: https://www.balto-sl...showtopic=11399 , и возможно эти протоевропеоидные типы крайне отличались генетически и по происхождению. Кроме того (хотя это и не Европа, но не исключено его распространение по ней) тип Мехта-Афалу очень похож на европейские протоевропеоидные. Что, всех их считать генетически однородной массой?

Ясное дело, мешались ещё миграции, но приходили не некие новые неолитические гены, а всё те же "мезолитические", только с другой территории.

Другое дело, что есть лишь генетическое исследование единиц мезолитических останков, а не сотен, как полагается.

[Маджус]

Другое дело, что не ВСЕ гены мезолитчиков сохранились в неолите. Ясное дело, мешались ещё миграции, но приходили не некие новые неолитические гены, а всё те же "мезолитические", только с другой территории.

Не очень понял. Есть какие-то основания это утверждать? Нет, понятно, что в некоторых популяциях неолитической Европы гены предшествующего населения мезолита сохранились в том или ином объеме. Но я так понимаю, что вы хотите сказать, что во всем неолитическом населении Европы сохранились в сколь либо значительном соотношении гены мезолитчиков? На основании чего сделаны эти выводы?

[Маджус]

Кроме того (хотя это и не Европа, но не исключено его распространение по ней) тип Мехта-Афалу очень похож на европейские протоевропеоидные. Что, всех их считать генетически однородной массой?

Всех - нет. Например:

По мнению ряда исследователей, культура маглемозе и родственная ей тарденуазская культура являются результатом переселения берберских племен капсийской культуры с севера Африки в Европу в VIII—VI тыс. до н. э.

И есть клады гаплогруппы Е, которые встречаются исключительно в Северной Европе, возрастом около 10 000 лет. Случайность?

[eugene-march]

Именно поэтому я не говорил обо всем населении Земли того времени, а лишь о многих протоевропеоидах Европы - а тропические черты были характерны для многих вплоть до неолита (тот же надпорожско-приазовский тип)

Были тропические, но в массе кончились в конце палеолита.

Кем доказывалась? То, что они имели некоторые сходные черты, вовсе не означает их генетическую родственность - это во-первых. Во-вторых, мезолит очень плохо изучен. В-третьих, в той же Восточной Европе был не один протоевропеоидный тип: https://www.balto-sl...showtopic=11399 , и возможно эти протоевропеоидные типы крайне отличались генетически и по происхождению. Кроме того (хотя это и не Европа, но не исключено его распространение по ней) тип Мехта-Афалу очень похож на европейские протоевропеоидные. Что, всех их считать генетически однородной массой?

Мехта-афалу, в целом, весьма отличается от европейских. Сходство его с европейцами довольно поверхностное. Но вообще вы правы, в мезолите Европы не все были похожи, а сходство не гарантирует родства - это факт.

Не очень понял. Есть какие-то основания это утверждать? Нет, понятно, что в некоторых популяциях неолитической Европы гены предшествующего населения мезолита сохранились в том или ином объеме. Но я так понимаю, что вы хотите сказать, что во всем неолитическом населении Европы сохранились в сколь либо значительном соотношении гены мезолитчиков? На основании чего сделаны эти выводы?

А откуда же взялись некие новые "неолитические гены"??? Неолит - это эпоха, следующая за мезолитом, неолитчики с Марса десантировались, что ли? Они из мезолитчиков произошли и их гены имели.

[Брут]

И есть клады гаплогруппы Е, которые встречаются исключительно в Северной Европе, возрастом около 10 000 лет. Случайность?

А почему Вы связываете с типом Мехта-Афалу гаплогруппу E? Их останки обследовали?