18 ответов в этой теме

[Ruthen]

Кофиади И. А. Генетическая устойчивость к заражению ВИЧ и развитию СПИД в популяциях России и сопредельных государств. Автореферат. — Москва: 2008.

http://www.dna-techn...6a8b39ec2b9.pdf

[Ruthen]

Analysis of CCR5delta32 Geographic Distribution and Its Correlation with Some Climatic and Geographic Factors
Svetlana A. Limborska, Oleg P. Balanovsky, Elena V. Balanovskaya, Peter A. Slominsky, Maria I. Schadrina, Ludmila A. Livshits, Sergey A. Kravchenko, Vladimir M. Pampuha, Elza K. Khusnutdinova, Victor A. Spitsyn

Human Heredity Vol. 53, No. 1, 2002

http://content.karge...e=000048605.pdf

We studied the possible effects of climatic-geographic factors on the world distribution of the mutant allele for the chemokine receptor gene CCR5, which has a 32-bp deletion (CCR5delta32) preventing cell invasion by the primary transmitting strain of HIV-1. New data on CCR5 polymorphisms in Russian, Ukrainian, and Moldavian populations are presented. All available data on CCR5delta32 frequencies in the Old World (number of populations n = 77) were used for construction of a geographical gene map to analyze possible correlations between allele frequencies and eight climatic-geographic parameters. A strong positive correlation was found between the allele frequency and latitude (r = 0.72), a strong negative correlation with annual radiation balance (r = –0.66), and a weaker negative correlation with longitude (r = –0.34). Partial correlations were calculated excluding the influence of latitude. The negative correlation between the allele frequency and annual radiation balance decreased (r = –0.42), but remained large and significant. We propose that the existence of correlations between the cline of CCR5delta32 frequencies and climatic-geographic parameters provides evidence for a possible effect of either natural environmental factors or large-scale population movements on the distribution of this allele.

Данные из этой работы уже старые, из русских популяций с тех пор были изучены ещё Вологда (21%) и поморы (33,3%). Подробнее см. первое сообщение из этой темы.

[Пастор_Шлаг]

Саранск 13, Мокша Старошайговские 27. Вот это разница.

[Ruthen]

Саранск 13, Мокша Старошайговские 27. Вот это разница.

Не в тот столбец посмотрели, это ссылки на источники в самой работе Хотя разница действительно нехилая, в 3 раза. 0,163 и 0,059 соответственно.

Ещё одна статья на ту же тему. Правда, старая (2000 год), да ещё Russia у них почему-то в Asia, зато охватывает весь мир.

Global distribution of the CCR2-64I/CCR5-59653T HIV-1 disease-protective haplotype
Martinson, Jeremy J.; Hong, Lilya; Karanicolas, Rosea; Moore, John P.; Kostrikis, Leondios G.

AIDS: 31 March 2000 - Volume 14 - Issue 5 - pp 483-489

http://journals.lww....5_59653T.3.aspx

[Пастор_Шлаг]

Не в тот столбец посмотрели, это ссылки на источники в самой работе Хотя разница действительно нехилая, в 3 раза. 0,163 и 0,059 соответственно.

Ага, сегодня туплю целый день.

[Ruthen]

Якуты (n=127):
CCR5 normal/normal - 127 (100%)

Русские Якутии (n=126):
CCR5 normal/normal - 106 (84,1%)
CCR5 normal/delta32 - 17 (13,5%)
CCR5 delta32/delta32 - 3 (2,1%)

Источник:
Ирина Аверьевна Николаева и др. Делеционный полиморфизм гена рецептора хемокина 5 и риск развития рассеяного склероза в Якутии // Якутский медицинский журнал. — 2007. — № 2. — С. 10—12.
http://mednauka.com/...c...7&Itemid=42



Балановская Е. В., Балановский О. П. Русский генофонд на Русской равнине. — Москва: Луч, 2007. — С. 135:


Попробовал сделать в Surfer картограмму распространения CCR5delta32 в русских популяциях на основе всех вышеуказанных источников:
"Русский генофонд на Русской равнине" и
Кофиади И. А. Генетическая устойчивость к заражению ВИЧ и развитию СПИД в популяциях России и сопредельных государств.
Исконный русский ареал взял из Балановских. Так что можете заценить Если понравится, буду время от времени делать картограммы для Балто-Славики.

(Исправлено, см. последнее сообщение)

Сообщение изменено: Ruthen, 28 Август 2011 - 08:06.

[Пастор_Шлаг]

Ruthen, можно вас попросить добавить карту данные Лимборской, было бы интересно взглянуть на результат?

[Ruthen]

Ruthen, можно вас попросить добавить карту данные Лимборской, было бы интересно взглянуть на результат?

Я этими данными и так пользовался, но по русским там только 2 позиции.

Сделал карту по всей Восточной Европе, с учётом, в том числе, этой работы.

(исправлено, см. ниже)

Сообщение изменено: Ruthen, 28 Август 2011 - 08:17.

[Пастор_Шлаг]

Отлично. Большое спасибо!

[eugene-march]

Findings of a mutation conferring HIV resistance in ancient DNA:



http://www.nature.co...s/6364172a.html

http://dx.doi.org/10...gid.2007.11.003

[Ruthen]

Прошу прощения, в обеих картах ошибочка вышла. По нескольким популяциям неправильное значение задал. Указал долю индивидуумов носителей мутации, а надо было долю аллелей. Впрочем, на общий тренд это не повлияло. Выкладываю исправленный вариант.

Распределение аллеля CCR5delta32 в русских популяциях:

Максимумы - Архангельск и Красноборск.

Распределение аллеля CCR5delta32 в популяциях Восточной Европы:

Максимумы - Архангельск, Красноборск, острова Эстонии.

Использована информация из:

1. Eric Faure, Manuela Royer-Carenzi. Is the European spatial distribution of the HIV-1-resistant CCR5-D32 allele formed
by a breakdown of the pathocenosis due to the historical Roman expansion? Infection, Genetics and Evolution 8 (2008) 864–874
http://sharc.sums.ac...c/unpload/6.pdf

2. Балановская Е. В., Балановский О. П. Русский генофонд на Русской равнине. — Москва: Луч, 2007. — С. 135. — 416 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-87140-267-2

3. Кофиади И. А. Генетическая устойчивость к заражению ВИЧ и развитию СПИД в популяциях России и сопредельных государств. Автореферат. — Москва: 2008.
http://www.dna-techn...6a8b39ec2b9.pdf

4. Svetlana A. Limborska et all. Analysis of CCR5delta32 Geographic Distribution and Its Correlation with Some Climatic and Geographic Factors. Human Heredity Vol. 53, No. 1, 2002
http://content.karge...e=000048605.pdf

5. P. P. Jagodzinski, R. Lecybył, M. Ignacak, J. Juszczyk and W. H. Trzeciak. Distribution of Δ32 alelle of the CCR5 gene in the population of Poland. Journal of Human Genetics Volume 45, Number 5, 271-274
http://www.nature.co.../jhg200057a.pdf

6. Frédérick Libert et all. The Δccr5 Mutation Conferring Protection Against HIV-1 in Caucasian Populations Has a Single and Recent Origin in Northeastern Europe. Human Molecular Genetics, 1998, Vol. 7, No. 3
http://hmg.oxfordjou.../3/399.full.pdf

7. Gunes SO, Kara N, Bagci H The frequency of ccr5delta32 Polymorphism in the Central Black Sea Coastal Region in a Healthy population. Turk J Med Sci 37:17-19. (2007)
http://journals.tubi...-1-5-0607-8.pdf

8. Kalev I, Mikelsaar AV, Beckman L, Tasa G, Pärlist P. High frequency of the HIV-1 protective CCR5 delta32 deletion in native Estonians. Eur J Epidemiol. 2000:16(12):1107-9.

9. Korshunova TIu, Akhmetova VL, Kutuev IA, Khusainova RI, Guseĭnov GG, Khusnutdinova EK. VNTR-polymorphism of the PAH, e-NOS genes and deletion of the CCR5 gene in populations in the northern Caucasus. Genetika. 2004 Mar;40(3):409-14.

10. Nogova P, Habekova M, Stanekova D. Prevalence 32bp deletion in gene for HIV coreceptor CCR5-del32 in the Slovak population. Lekarsky obzor 56:155-158. (2007)

11. Salimova AZ, Kutuev IA, Khusainova RI, Akhmetova VL, Sviatova GS, Berezina GM, Khusnutdinova EK. Analysis of ethnogeographic groups of Kazakhs based on nuclear genome DNA polymorphism. Genetika. 2005 Jul;41(7):973-80.

12. Bermisheva MA, Petrova NV, Zinchenko RA, Timkovskaia EE, Malyshev PIu, Gavrilina SG, Ginter EK, Kusnutdinova EK. Population study of the Udmurt population: analysis of ten polymorphic DNA loci of the nuclear genome. Genetika. 2007 May;43(5):688-705.

13. Kamkamidze G, Capoulade-Metay C, Butsashvili M, Dudoit Y, Chubinishvili O, Debre P, Theodorou L. 32-nucleotide deletion, associated with defence against hiv/aids, is a predominant mutation of CCR5 gene in the population of Georgia. Georgian Med News. 2005 Jan;(118):74-9.

Сообщение изменено: Ruthen, 28 Август 2011 - 08:17.

[Пастор_Шлаг]

Такое ощущение, что устойчивость к заражению ВИЧ и развитию СПИД возникла в среде до ФУ населения на территории Финляндии/Северо-запада России. Также картина распределения этого показателя совпадает с вологодским трендом гг I1 (о чем мы недавно говорили), как будто-бы об этом говорят высокие частоты N1c, которые увеличиваются к Мезени и уменьшающиеся частоты CCR5delta32 опять же в сторону Мезени. С другой стороны носители гг I более подвержены СПИДу - ссылка. Хотя одно может быть следствием другого.

[Ruthen]

Такое ощущение, что устойчивость к заражению ВИЧ и развитию СПИД возникла в среде до ФУ населения на территории Финляндии/Северо-запада России. Также картина распределения этого показателя совпадает с вологодским трендом гг I1 (о чем мы недавно говорили), как будто-бы об этом говорят высокие частоты N1c, которые увеличиваются к Мезени и уменьшающиеся частоты CCR5delta32 опять же в сторону Мезени. С другой стороны носители гг I более подвержены СПИДу - ссылка. Хотя одно может быть следствием другого.

По материалам, которые выложил eugene-march чуть выше, можно сделать следующие выводы:
1. Время зарождения этой мутации отодвигается в прошлое как минимум на 2 тысячелетие до н.э., а скорее всего и ещё дальше. Так как уже в 900 году до н.э. в захоронении delta32 обнаружена с высокой частотой, близкой к максимальным современным значениям. Раньше, насколько я знаю, считалось, что эта мутация возникла примерно 2000 лет назад.
2. Эпидемии чумы в средневековой Европе вряд ли являются фактором отбора, увеличившим долю CCR5delta32 в североевропейском населении. Как мы видим, эта мутация уже была распространена до всяких эпидемий. Более того, частоты в одном и том же захоронении до эпидемии Чёрной смерти (1346-1351) и сразу после неё не особо отличаются.
3. Авторы в одной из работ пишут об оспе, но и оспа вряд ли имела такое распространение в Северной Европе до нашей эры. Для развития таких эпидемий не было условий, население было достаточно редким и не было сконцентрировано в городах.
4. Можно предположить, что фактором отбора был вирус, аналогичный ВИЧ. Он тоже использовал при проникновении в лимфоциты рецептор CCR5 и подобно ВИЧ угнетал иммунную систему. Эпидемия этого вируса несколько тысячелетий назад захватила большую часть древнейшего населения Северно-Восточной Европы и произвела соответствующий отбор. Выжили практически исключительно те, кто был носителем CCRdelta32 хотя бы в гетерозиготном варианте. По причине изоляции региона (относительной, конечно) и редкого населения эпидемия прекратилась сама собой. А мутация осталась. Впоследствии из-за миграций её доля, конечно, сильно уменьшилась, и попутно мутация была разнесена по всей Европе.

Разумеется, это лишь предположение. Но мне такая картина представляется весьма вероятной.

[eugene-march]

Mitochondrial DNA Haplogroups influence AIDS Progression

Results:
MtDNA haplogroups J and U5a were elevated among HIV-1 infected people who display accelerated progression to AIDS and death. Haplogroups Uk, H3, and IWX appeared to be highly protective against AIDS progression.

http://www.ncbi.nlm....66/?tool=pubmed

[Пастор_Шлаг]

Может быть был и какой-то другой вирус, но то что та мутация которая блокирует ВИЧ, блокирует одновременно и оспу совершенно точно.

[Пастор_Шлаг]

http://www.supotnits....htm#rasp_spida

[Ravnur]

Есть уже описанная в сообщениях выше мутация CCR5 delta 32 (соответственно в гене CCR5) встречающаяся в основном у североевропейцев. Где-то в среднем у 10% в гетерозиготном варианте и у 1% в гомозиготном. В гетерозиготном состоянии эта мутация сильно уменьшает шанс инфицирования клетки ВИЧ, в гомозиготном, по-видимому, приводит к полной невозможности такого инфицирования.

 

CCR5-Δ32 (встречаются также варианты названия CCR5-D32 и CCR5 delta 32) — генетический вариант CCR5. CCR5-Δ32 представляет собой делецию 32 пар оснований, приводящую к нарушению адгезивных свойств кодируемого ею белка CCR5 Т-клеток. Предполагается, что эта мутация возникла примерно две с половиной тысячи лет назад и со временем распространилась в Европе.

Делеция части гена CCR5 приводит к невозможности присоединения вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) к Т-клетке. В гетерозиготном состоянии эта мутация сильно уменьшает шанс инфицирования клетки ВИЧ, в гомозиготном, по-видимому, приводит к полной невозможности такого инфицирования. Распространение мутации в Европе, особенно в Северной, может быть связана со средневековыми пандемиями «Чёрной смерти», так как эта мутация повышает сопротивляемость организма чумной палочке.

Следует отметить, что присутствие в генотипе мутации CCR5-Δ32 сильно увеличивает восприимчивость организма к лихорадке Западного Нила. Кроме того, по данным некоторых исследований, мутация CCR5-Δ32 может повышать риск развития рассеянного склероза.

Мутация CCR5-Δ32 в гетерозиготном состоянии встречается в Европе с частотой 5—14 %. В Северной Европе она встречается чаще. Исследование ВИЧ-протективных генов показало повышенную частоту встречаемости CCR5-Δ32 у русских и украинцев (порядка 10—15 % имеют мутацию в одной из хромосом). Наивысшие в мире частоты CCR5-Δ32 отмечены у поморов (до 33 %, из них 3 % — в гомозиготном состоянии). У русских в целом и украинцев частоты этой мутации в среднем составляют 21 %. Встречаемость CCR5-Δ32 за пределами Европы практически невозможна, во всех неевропейских этнических группах она полностью отсутствует (за исключением шорцев).

 

Единственный пока в мире излечившийся от ВИЧ человек (Тимоти Браун) добился этого пересадкой стволовых клеток от очень совместимого донора у которого была гомозиготная мутация CCR5-Δ32.

 

Те, кто делал тест в 23andMe могут проверить наличие мутации самостоятельно по этой ссылке: https://you.23andme....p_name=i3003626

У меня оказалась гетерозиготная. Хотелось бы, конечно, гомозиготный вариант, но в любом случае лучше, чем ничего!

[Ravnur]

Частоты CCR5-Δ32 среди современных популяций (согласно https://www.biorxiv..../04/23/255117):

 

 

[Ravnur]

Единственный пока в мире излечившийся от ВИЧ человек (Тимоти Браун) добился этого пересадкой стволовых клеток от очень совместимого донора у которого была гомозиготная мутация CCR5-Δ32.

 

Прочитал в новостях, что уже второго человека вылечили пересадкой костного мозга от подобного донора. Снова звёзды сошлись.